Comment créer un UpSet plot pour visualiser les intersections d'ensembles
Générez un diagramme UpSet à partir de données CSV ou Excel. Codez l'appartenance aux ensembles, interprétez la matrice de points et les barres d'intersection, mettez en valeur les chevauchements et finalisez votre figure dans SciVis.
Dès qu'un diagramme de Venn dépasse quatre ou cinq ensembles, il devient souvent illisible et source de confusion. Les zones d'intersection se rétrécissent au point de ne plus pouvoir accueillir d'étiquettes, l'œil humain peine à comparer visuellement les surfaces, et certains chevauchements vides ou omis passent inaperçus. Le diagramme UpSet (UpSet plot) résout ce problème en remplaçant les formes géométriques entrelacées par une matrice d'intersection rigoureuse alignée sur des diagrammes en barres.
L'utilisation de l'UpSet Plot Generator de SciDraw est particulièrement recommandée lorsque vos travaux de recherche portent sur le chevauchement de listes de gènes, de cohortes cliniques, de jeux de données, d'espèces, de voies de signalisation ou de conditions expérimentales. Le générateur traite votre tableau d'appartenance structuré et exporte directement le tracé vers SciVis pour finaliser l'esthétique de votre figure.
Des milliers de chercheurs utilisent SciDraw AI pour créer en quelques minutes des figures prêtes à publier pour leurs articles, demandes de financement et soumissions — sans compétences en design.
Comptabiliser deux fois une intersection : déterminez clairement si vos barres représentent des intersections exclusives (chaque élément n'apparaît que dans une seule barre) ou des chevauchements inclusifs.
Utiliser des identifiants incohérents : des variations telles que Gene-1, gene1 et Gene_1 seront interprétées comme des entités distinctes.
Laisser des doublons au sein d'un même ensemble : l'appartenance doit rester binaire ; la présence de doublons risque de fausser artificiellement la taille des intersections.
Trier les données sans expliciter la méthode : veillez à préciser si les barres d'intersection sont ordonnées par taille, par degré d'intersection ou selon une priorité biologique définie.
Afficher une multitude d'intersections anecdotiques : si vous filtrez les intersections de faible effectif, appliquez une règle systématique et mentionnez-la, tout en conservant l'intégralité des données brutes en annexe.
Les modèles de SciDraw reposent sur un tableau d'appartenance binaire au format large :
Colonne
Rôle
Exemple
item
Identifiant unique de l'entité
Gene_001
Control
Appartenance au groupe Témoin
1 ou 0
Treatment_A
Appartenance au groupe Traitement A
1 ou 0
Treatment_B
Appartenance au groupe Traitement B
1 ou 0
Treatment_C
Appartenance au groupe Traitement C
1 ou 0
Validation
Appartenance au groupe de validation
1 ou 0
highlight
Annotation optionnelle pour mise en valeur
yes ou no
Ajoutez une colonne par ensemble ; l'exemple de base en compte cinq.
Vous pouvez télécharger notre fichier CSV de base ou notre exemple de listes de gènes. Chaque ligne doit correspondre à une entité unique, et chaque colonne d'ensemble doit utiliser un codage binaire homogène.
Avant de générer la figure, formalisez les critères d'inclusion pour chaque ensemble. Pour des listes de gènes différentiellement exprimés, cela implique d'appliquer le même seuil de p-value ajustée et de fold-change à toutes les conditions. Pour des cohortes, les critères d'inclusion doivent être parfaitement documentés. Le diagramme ne pourra pas corriger des définitions d'ensembles initialement hétérogènes.
Accédez à l'UpSet Plot Generator, sélectionnez l'un des six exemples intégrés ou importez votre propre fichier au format CSV, TSV, TXT, XLSX ou XLS. Examinez l'aperçu pour traquer d'éventuels doublons d'identifiants, des cellules vides ou des colonnes numériques qui auraient été interprétées à tort comme du texte.
Chaque colonne de la matrice inférieure représente une intersection spécifique. Les points noirs pleins indiquent les ensembles inclus dans cette intersection, reliés par une ligne verticale lorsque plusieurs ensembles sont impliqués. La barre verticale située juste au-dessus indique l'effectif de cette intersection. Les barres horizontales positionnées à gauche représentent la taille globale de chaque ensemble.
Prenez le temps de recalculer manuellement quelques intersections clés à partir de votre tableau source pour valider la hauteur des barres. Cette double vérification est indispensable si vous avez appliqué des filtres ou si vos entités proviennent de fichiers sources multiples.
Classer les intersections par taille décroissante permet au lecteur d'identifier immédiatement les chevauchements prédominants. Un tri par degré regroupe les intersections selon le nombre d'ensembles impliqués (intersections simples, paires, triplets, etc.). Un ordre personnalisé peut s'avérer pertinent pour mettre en avant une comparaison centrale dans votre argumentation, mais ce choix doit être explicité et ne pas servir uniquement à surreprésenter un résultat attendu.
Basculez ensuite vers SciVis pour ajuster les polices, l'espacement et la palette de couleurs. Vous pouvez par exemple colorer une intersection d'intérêt biologique majeur tout en laissant le reste de la matrice dans des tons neutres.
Pour analyser un diagramme UpSet, partez d'une barre d'intersection verticale, descendez le long de sa colonne de points et identifiez les ensembles correspondants (marqués par un point plein). Si la colonne présente des points pleins uniquement pour le Traitement A et le Traitement B, mais pas pour le Témoin, la barre correspondante quantifie les éléments exclusifs à cette combinaison précise (dans le cas d'une représentation d'intersections exclusives).
Gardez à l'esprit que les barres de taille des ensembles (à gauche) et les barres d'intersection (en haut) répondent à des questions différentes. Un ensemble très volumineux peut ne contenir que très peu d'éléments exclusifs si la grande majorité de ses membres est partagée avec d'autres groupes.
Privilégiez le Venn Diagram Maker pour comparer deux ou trois ensembles, car la métaphore spatiale des cercles reste très intuitive pour le lecteur.
Optez pour un diagramme UpSet dès que vous manipulez quatre ensembles ou plus, ou lorsque la comparaison précise et quantitative de la taille des intersections est cruciale.
Utilisez le Sankey Diagram Generator si votre problématique concerne des flux, des transitions ou des trajectoires d'éléments plutôt que des états d'appartenance statiques.
Tout à fait. Il vous suffit d'importer votre tableau d'appartenance binaire dans l'UpSet Plot Generator pour obtenir instantanément votre figure, que vous pourrez ensuite personnaliser graphiquement dans SciVis.
Oui, les valeurs booléennes standard sont acceptées si elles sont homogènes. Cependant, l'utilisation de 1 et de 0 (comme dans nos exemples) est fortement recommandée car elle évite tout problème d'interprétation lors des transferts entre logiciels de feuille de calcul et fichiers CSV.
Le degré correspond au nombre d'ensembles qui se chevauchent pour former une intersection donnée. Un point noir unique correspond à un degré de un ; trois points connectés verticalement représentent une intersection de degré trois.
Pas nécessairement. Lorsque le nombre d'ensembles est élevé, le nombre d'intersections théoriques explose, et beaucoup d'entre elles s'avèrent vides ou négligeables. Il est préférable de définir un seuil minimal d'effectif ou de limiter l'affichage aux principales intersections, en veillant à décrire cette règle de filtrage de manière transparente dans votre méthodologie.
Davie Chen is a researcher at the Faculty of Animation and Intermedia, University of Arts in Poznan, studying generative AI for scientific figure creation, patent illustration, and manuscript drafting. SciDraw AI is one of the research-to-product tools built from this work.
