ボルケーノプロットは効果量を横軸、統計的有意性を縦軸に置き、差次的発現結果を要約します。SciDraw は結果表から初稿を作成し、細かな編集は SciVis で行います。
必要なデータ
CSV、TSV、TXT、XLSX、XLS のいずれか1ファイルをアップロードできます。Excel は先頭シートを使用します。整ったロング形式の表1つで多くの用途に対応できます。まず6種類の例で列構造を確認してください。
1行を1遺伝子・タンパク質・代謝物とし、識別名、log2 fold change、調整 p 値を用意します。有意性の分類列は任意です。欠損値を 0 として扱わないでください。
主な列: feature, log2_fold_change, adjusted_p_value
ステップ1：例を選ぶかファイルをアップロード
ボルケーノプロット作成ツール を開き、研究目的に近い例を選ぶか自分のファイルをアップロードします。例はそのまま生成でき、列構造のひな型としてもダウンロードできます。
ステップ2：最初の図を生成
検出された列を確認して図を生成します。図の種類はツールページで指定済みです。生成後は元の解析結果と照合し、数値や統計注記が正しいか確認してください。
ステップ3：SciVis で編集を続ける
「SciVis で編集を続ける」を選ぶと、結果が SciVis ワークスペースに移ります。ラベル、色、注釈、目盛、凡例、レイアウトをそこで調整します。
生成前後の確認項目
- 多重検定で調整した p 値を優先する。
- 横軸を 0 中心にし、fold change の閾値を明示する。
- 結論に必要な少数の特徴だけをラベル付けする。
- 点数と有意特徴数を解析結果と照合する。
よくある質問
- R や Python は必要ですか？不要です。ただし統計解析そのものは適切な方法で行ってください。
- ファイルは1つで足りますか？通常は十分です。群、系列、サブグループを同じロング形式の表に入れます。
- Excel は使えますか？XLSX と XLS に対応しますが、読み込むのは先頭シートです。
作成を始める
6種類の例または自分のデータから始め、初稿を生成したら SciVis で仕上げます。書き出す前にすべての値を確認してください。
