科学的な可視化は、検証できる表から始まり、数値・視覚表現・ラベルを確認できる図で終わるべきです。SciDraw ではツールページでファイルまたは例を読み込み、初稿を生成してから SciVis で仕上げます。
対応するデータ形式
CSV、TSV、TXT、XLSX、XLS に対応します。アップロードは1回につき1ファイルで、Excel は先頭シートを使用します。JSON と複数ファイルの同時入力には対応していません。多くの群・系列・誤差情報は1つのロング形式表にまとめられます。
SciVis の作業手順
- 研究目的に合うグラフ専用ページを選ぶ。
- 6種類の例から選ぶか、データファイルを1つアップロードする。
- 検出された列を確認して初稿を生成する。
- 「SciVis で編集を続ける」を選ぶ。
- 書き出す前に数値、統計注記、投稿規定を確認する。
公開中の46種類の研究グラフ
現在46種類のデータ可視化ツールを公開し、比較、分布、時系列、回帰、不確実性、生存解析、オミクス、フローを扱います。PCA とコロプレス地図は信頼性確認が完了するまで非公開です。全体は ツール一覧 で確認できます。
新しい用途別ツール
次の23ページには、ダウンロード可能な6種類のデータと実際の研究場面を想定した例があり、生成後は SciVis で編集できます。
- 棒グラフ作成ツール — CSV データをアップロードして集合・積み上げ・エラーバー付き棒グラフを作成し、SciVis でラベルやスタイルを編集できます。
- 折れ線グラフ作成ツール — CSV データから論文向けの折れ線グラフを作成し、SciVis で系列、ラベル、配色を編集できます。
- エラーバープロット作成ツール — CSV データから標準偏差、標準誤差、信頼区間を可視化し、SciVis でグラフを引き続き編集できます。
- 時系列プロット作成ツール — CSV の時系列データから傾向と不確実性を可視化し、SciVis で仕上げを続けられます。
- 回帰プロット作成ツール — CSV データに回帰曲線を当てはめて統計量を表示し、作成後は SciVis で編集できます。
- 用量反応曲線作成ツール — CSV のアッセイデータから IC50、EC50、4 パラメータ曲線を当てはめ、SciVis で図を調整できます。
- 増殖曲線作成ツール — CSV の増殖測定値から培養条件や処理群を比較し、SciVis で引き続き編集できます。
- 標準曲線作成ツール — CSV の標準試料データから ELISA、qPCR、検量線を作成し、SciVis で調整できます。
- レインクラウドプロット作成ツール — CSV データから分布、箱ひげ要約、観測点を組み合わせ、SciVis でプロットを編集できます。
- ビースウォームプロット作成ツール — CSV の観測値から点が重ならないビースウォームプロットを作成し、SciVis でカスタマイズできます。
- ECDF プロット作成ツール — CSV の観測値から経験累積分布を比較し、SciVis で引き続き編集できます。
- MA プロット作成ツール — CSV の発現データから対数比と発現量の関係を描き、SciVis で結果を注釈できます。
- エンリッチメントプロット作成ツール — CSV の解析結果から GO、KEGG、GSEA を可視化し、SciVis で図を仕上げられます。
- 酵素反応速度プロット作成ツール — CSV のアッセイデータに酵素反応速度モデルを当てはめ、SciVis で曲線や注釈を編集できます。
- カレンダーヒートマップ作成ツール — CSV の日次測定値からカレンダーヒートマップを作成し、SciVis で色尺度やラベルを調整できます。
- 積み上げ面グラフ作成ツール — CSV・Excel データから論文向けの積み上げ面グラフを作成し、時系列の合計と構成比を同時に表示します。100% 積み上げにも対応します。
- リッジラインプロット作成ツール — グループ別の数値データからリッジラインプロットや joyplot を作成し、複数の分布をコード不要で比較できます。
- バブルチャート作成ツール — CSV・Excel からバブルチャートを作成し、3 変数を x、y、バブル面積に割り当てて科学データを比較できます。
- ヘックスビンプロット作成ツール — 大量のペア観測をヘックスビン密度プロットに変換し、密集した関係やモデル検証結果をカウント色で明瞭に示します。
- ペアドットプロット作成ツール — 対応のある観測値から前後比較のペアドットプロットを作成し、有効なペアだけを結んで個々の変化を残します。
- 適合率–再現率曲線作成ツール — 正解ラベルと予測確率から適合率–再現率曲線を作成し、有病率ベースライン、しきい値、平均適合率を表示します。
- モデルキャリブレーションプロット作成ツール — 観測結果と予測確率からモデル校正プロットまたは信頼度曲線を作成し、確率ビンと完全校正線を示します。
- 混同行列作成ツール — 正解ラベルと予測ラベルから二値・多クラスの混同行列を作成し、件数や正規化率を論文向けに出力します。
アップロード用データの整え方
- 1行を1観測、1試料、または1効果量にする。
- 1列に1変数だけを入れ、短く一意な列名を使う。
- 数値列に単位や装飾文字を混ぜない。
- 群、系列、誤差、ラベルは別々の列にする。
- 欠損値の扱いを統一し、単位とコードを確認する。
生成後の編集
ツールページはアップロード、例の読み込み、初稿生成を担当します。編集はツールページに残らず SciVis に移り、タイトル、軸、凡例、色、記号、注釈、目盛、配置を調整できます。
現在の制限と確認事項
- 処理できるのは1回につき1ファイル。
- Excel は先頭シートのみ読み込む。
- JSON は現在非対応。
- 効果量、信頼区間、調整 p 値、モデル結果は適切な統計手法で計算する。
- 投稿先の要件を自動保証するものではないため、提出前に確認する。
よくある質問
- ファイルは1つで足りますか？多くの場合は十分で、群や系列を同じ表の列で表現できます。
- 生成後も編集できますか？はい。結果は SciVis で開き、ツールページには留まりません。
- すべてのツールに例がありますか？はい。公開中の46ツールに各6種類の CSV とカバー画像があります。
始める
ツール一覧 から種類を選ぶか、SciVis で既存プロジェクトを続けてください。まず例でデータ構造を確認するのがおすすめです。
