クラドグラムは現代の進化生物学の基盤です。初めて作成する学生から、手法を見直したい研究者まで、論理を理解すればプロセスは明快です。このガイドでは、分類群の選定から最終的な分岐ツリーの描画まで、すべてのステップを丁寧に解説します。
この記事で学べること：
- 分類群と外群の選び方
- 形質表（データ行列）の作り方
- 共有派生形質（シナポモルフィー）の見つけ方
- クレードを一般から特殊へと並べる順序
- 清潔で論文発表に対応したクラドグラムの描き方
- クラドグラムと系統樹の違い
- 最初から最後までの実践例
クラドグラムとは？
クラドグラムは、共有派生形質（シナポモルフィー）に基づいて分類群間の仮説的な関係を示す分岐図です。完全な系統樹とは異なり、クラドグラムは進化的時間や枝の長さを示しません。グループが共通祖先を共有する相対的な順序だけを表します。
各分岐点（ノード）は、その上のすべての分類群が共有する仮説的な共通祖先を表します。一緒に分岐する分類群はクレードと呼ばれます——祖先とその全子孫を含む単系統群です。
クラドグラム vs 系統樹
これらの用語はよく混同されますが、技術的には異なります：
| 特徴 | クラドグラム | 系統樹 |
|---|---|---|
| 枝の長さ | 任意（意味なし） | 進化的変化量または時間に比例 |
| 時間を示すか | いいえ | 多くの場合はい（時間校正後） |
| 変化量を示すか | いいえ | はい（スケール付きの場合） |
| 目的 | 関係のトポロジー | 完全な進化の歴史 |
| 使用データ | 形質の有無 | 分子速度、化石なども含む |
| よく使われる場面 | 系統学・分類学の授業 | 分子生物学・進化研究 |
教育目的や基本的な分類には、クラドグラムが適切なツールです。論文発表レベルの分子系統解析には、完全にスケールされた系統樹がより適切です。SciDraw AI は両方のフォーマットに対応しています。枝の長さが必要な場合は系統樹メーカーを、トポロジー図にはクラドグラムメーカーをお使いください。
ステップ1 — 分類群を選ぶ
まず、比較したい生物（またはグループ）を決めます。これが内群の分類群——研究対象の生物です。
分類群選択のガイドライン：
- 教育や練習用のクラドグラムには5〜10個の分類群を選びましょう。少なすぎると解像度が不足し、多すぎると手作業では扱いにくくなります。
- 複雑さや進化的距離の範囲が明確な分類群を選びましょう。
- 各分類群について信頼性の高い形質データが入手できることを確認してください。
内群の例（このガイド全体で使用）：
- ヤツメウナギ
- サメ
- サケ
- カエル
- トカゲ
- ウサギ
- ヒト
ステップ2 — 外群を追加する
外群（アウトグループ）は、内群に近縁だが内群の外側に位置する分類群です。外群は参照点として機能し、どの形質状態が祖先的（プレシオモルフィー）で、どれが派生的（アポモルフィー）かを決定します。
脊椎動物の例では、ナメクジウオ（アンフィオクサス）が良い外群です——脊索動物ですが脊椎動物ではありません。
外群選択のルール：
- 外群は内群に関連していなければなりませんが、内群のメンバーであってはなりません。
- 内群といくつかの形質を共有しつつも、最も派生した形質を欠くべきです。
- 複数の外群を使用すると精度が向上します。
ステップ3 — 形質表を作成する
形質表（データ行列とも呼ばれる）は、クラドグラムの原材料です。各行は分類群、各列は形質です。各セルに0（欠如/祖先的）または1（存在/派生的）を入力します。
形質の選び方
クラドグラムに適した形質は相同的——同じ祖先構造に由来するものです。相似形質（機能は似ているが起源が異なる、コウモリの翼と昆虫の翅など）の使用は避けてください。
有用な形質の種類：
- 形態的：顎の有無、対肢の有無、毛、羊膜卵
- 生化学的：特定のタンパク質、DNA配列
- 行動的：単独での使用は稀ですが有効
形質表の例
| 分類群 | 脊椎 | 顎 | 対肢 | 羊膜卵 | 毛/体毛 | 乳腺 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ナメクジウオ（外群） | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ヤツメウナギ | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| サメ | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| サケ | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| カエル | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| トカゲ | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ウサギ | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| ヒト | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
ステップ4 — 共有派生形質（シナポモルフィー）を特定する
シナポモルフィーは、2つ以上の分類群が共通祖先から受け継いだ、共有された派生形質状態です。これが分岐学の核心概念です。
- プレシオモルフィー：祖先的形質状態（外群と共有）
- アポモルフィー：派生的形質状態
- シナポモルフィー：クレードが共有する派生形質状態（クレードを定義するもの）
- オートアポモルフィー：1つの分類群に固有の派生形質（クレードの定義には役立たない）
形質表から：
- 脊椎はすべての内群分類群（ヤツメウナギ〜ヒト）を結ぶ——1つのクレード
- 顎はサメ、サケ、カエル、トカゲ、ウサギ、ヒトを結ぶ——入れ子のクレード
- 対肢はカエル、トカゲ、ウサギ、ヒトを結ぶ——さらに入れ子のクレード
- 羊膜卵はトカゲ、ウサギ、ヒトを結ぶ
- 毛 + 乳腺はウサギとヒトを結ぶ
ステップ5 — クレードを一般から特殊へと並べる
クラドグラムの構築は「箱の中に箱」を考えると分かりやすいです：
- 最も広く共有された形質が最も外側の（最も包括的な）クレードを定義します。
- 各追加形質がその内側にさらに小さいグループを入れ子にします。
この例での入れ子の順序：
全内群分類群 → 共有：脊椎
↳ 有顎脊椎動物 → 共有：顎
↳ 四肢動物 → 共有：対肢
↳ 羊膜類 → 共有：羊膜卵
↳ 哺乳類 → 共有：毛 + 乳腺ヤツメウナギが最初に分岐します（脊椎はあるが顎がない）。次にサメとサケ（顎はあるが肢がない）。以下同様です。
ステップ6 — クラドグラムを描く
入れ子構造を分岐図に変換します。標準的な描画規則は次の通りです：
- 水平な基線（「幹」）を引きます。
- 基線から垂直線を引きます。各垂直線は分類群名またはノードに続きます。
- 各ノード（分岐点）に、そのクレードを定義するシナポモルフィーを注釈します。
- 外群を最も左に配置します。
- 分類群は左（最も基盤的）から右（最も派生的）へと分岐します——縦型レイアウトでは下から上へ。
ツリーへの注釈：
- シナポモルフィーは末端ではなく、最初に現れた枝に記します。
- 枝に目盛りや標識バーを使用してください。
- 外群の形質状態を内群と共有しているかのようにラベル付けしてはいけません。
描画クイックリファレンスチェックリスト
| ステップ | 行うこと |
|---|---|
| 1 | 外群を最も左/下に描く |
| 2 | 全内群分類群への単一枝を延ばす |
| 3 | 内群ノードで最初のシナポモルフィーを記す |
| 4 | 次の形質を欠く分類群を分岐させる |
| 5 | 各追加形質について内側に入れ子を続ける |
| 6 | 全ノードと形質転換にラベルを付ける |
| 7 | 確認：各クレードが単系統群であること |
ステップ7 — ツリーを確認する
完成と宣言する前に、次の整合性チェックを行ってください：
- 節約性：ツリーは最少の進化的変化を要求していますか？形質がツリーに2回現れる場合、別のトポロジーがより少ない変化を必要とするか検討してください。
- 単系統性：各クレードは祖先とその全子孫を含む必要があります——側系統群または多系統群であってはなりません。
- 外群との対比：内群で「1」とコード化された形質は外群で「0」であるべきです（外群の選択が適切であれば）。
- 形質の独立性：2つの形質が冗長であってはなりません（例えば「翼がある」と「飛べる」はしばしば共起し、独立していない可能性があります）。
実践例：脊椎動物クラドグラム
すべてをまとめると、最終的な脊椎動物クラドグラムは次のようになります（テキストなので言葉で説明）：
ナメクジウオ ─────────────────────────────────────┐
│（外群）
ヤツメウナギ ──────────────────────────┐ │
│ 脊椎 │
サメ ───────────────┐ │ │
サケ ────────────────┤ 顎 │ │
│ │ │
カエル ──────┐ │ │ │
│ 対肢 │ │ │
トカゲ ──┐ │ │ │ │
│ 羊膜類 │ │ │
ウサギ ─┐│ │ │ │
ヒト ───┘│ 哺乳類 │ │ │左から右（または下から上）へ読むと、各入れ子グループが新しいシナポモルフィーを1つ加えています。クラドグラムは、ウサギとヒトがカエルよりも互いに近縁であり、カエルはサメよりもトカゲに近いことを明確に示しています。
クラドグラムの読み方
クラドグラムを手にしたら、次のように解釈してください：
- 姉妹群：最近共通祖先を共有する2つの分類群。この例では、ウサギとヒトが哺乳類ノードで姉妹群です。
- 共通祖先の近さ：2つの分類群が共有するノードが新しいほど、より近縁です。
- 枝の回転：ノード周りに枝を回転させても関係は変わりません。180°回転したクラドグラムはまったく同じトポロジーを表します。
- 末端の順序：末端の左右（または上下）の順序は近縁関係を示しません——ノードだけが示します。
避けるべきよくある間違い
- 枝の順序を近縁関係と混同する——重要なのはノードだけです。
- 相似形質を使用する——収斂進化がツリーを誤らせます。
- 外群を忘れる——なければ形質の極性を判定できません。
- 形質が少なすぎる——1〜2つの形質で構築されたツリーは信頼性がありません。
- 多形形質を不注意にコード化する——ある種の一部のみに形質が存在する場合、明確なルールを決めてください（例：多数決）。
SciDraw AI でクラドグラムを作成する
紙にクラドグラムを手描きすることは学習に適しています。発表や論文用には、より洗練された結果が必要です。SciDraw AI のクラドグラムメーカーでは、分類群と関係を自然言語で記述するだけで、数秒で出版対応の洗練された図が作成できます。枝の長さや時間校正を含むデータがある場合は、系統樹メーカーに切り替えることもできます。
どちらのツールも、原稿、ポスター、スライドに直接挿入できるベクター対応図を出力します——グラフィックデザインの経験は不要です。
よくある質問
Q：クラドグラムとフィログラムの違いは？ A：クラドグラムは分岐パターン（トポロジー）だけを示し、枝の長さに意味はありません。フィログラムは、枝の長さが進化的変化量（例：部位あたりの置換数）を表す系統樹の一種です。
Q：クラドグラムに含める分類群の数は？ A：教育目的には5〜10が理想的です。研究では制限はありません——現代の計算手法は数百〜数千の分類群を扱えますが、手描きは小さなツリーにしか実用的ではありません。
Q：形質表なしにクラドグラムを作れますか？ A：技術的にはyes——発表された文献からトポロジーが分かっていれば直接描けます。しかし、形質表の構築が生データからクラドグラムを導出する厳密な方法です。
Q：研究ではどのソフトウェアが使われますか？ A：一般的なツールには PAUP* や TNT（節約法）、RAxML や IQ-TREE（最尤法）、BEAST（ベイズ時間校正ツリー）があります。図の作成には、SciDraw AI のクラドグラムメーカーがシンプルな記述からクリーンな図を生成します。
Q：外群とは何で、なぜ必要なのですか？ A：外群は研究グループ外の分類群で、参照として使用されます。どの形質状態が祖先的（外群と共有）で、どれが派生的（内群に固有）かを決定する「形質の極性化」というプロセスを可能にします。
Q：クラドグラムが正しいかどうかはどう判断しますか？ A：節約性の原則を適用してください——最良のクラドグラムは、最少の進化的変化を必要とします。コンピュータプログラムは何千もの可能なトポロジーをテストし、最節約ツリーを報告します。小さな手作りツリーでは、あなたのツリーが必要とする形質状態変化の数を数え、代替的な配置と比較してください。
