Le mécanisme CRISPR-Cas9 est trompeusement simple à décrire et étonnamment difficile à dessiner : un ARN guide, une nucléase Cas9, une séquence PAM, un appariement de bases au site cible, une cassure double-brin franche, puis deux voies de réparation concurrentes. Un seul élément erroné — le PAM sur le mauvais brin, la coupure au mauvais endroit — et la figure induit en erreur. Ce guide vous montre comment générer avec l'IA un schéma du mécanisme CRISPR-Cas9 prêt à publier, clair et exact, à partir d'une seule phrase, puis l'affiner en dialoguant avec l'éditeur.
À la fin de ce guide, vous saurez :
- Générer un schéma complet du mécanisme CRISPR-Cas9 à partir d'un seul prompt.
- Annoter correctement chaque élément clé : sgRNA (crRNA + tracrRNA), Cas9, le PAM, la cible/protospacer et la cassure double-brin franche (DSB).
- Montrer les deux voies de réparation de l'ADN — NHEJ source d'erreurs (knockout) vs. HDR précise (knock-in) — côte à côte.
- Adapter le prompt à l'édition de bases, au prime editing ou à un workflow d'édition complet.
- Exporter une figure modifiable pour votre manuscrit, vos diapositives ou votre poster.
Collez l'un des prompts ci-dessous dans le générateur de schémas de voies de signalisation ou le générateur de schémas de voies biologiques, puis affinez le résultat dans l'éditeur SciDraw AI.
Un modèle de prompt réutilisable pour les figures CRISPR
Un bon prompt de schéma CRISPR-Cas9 comporte quatre parties :
- Sujet — l'étape ou la variante : ciblage, clivage, réparation, édition de bases ou workflow complet.
- Composants et interactions — ce qui se lie à quoi, où la coupure se produit.
- Étiquettes — nommez chaque molécule et chaque site à annoter.
- Style et mise en page — « vectoriel plat, prêt à publier, flux de gauche à droite, double hélice d'ADN claire. »
Modèle : « Dessine l'[étape] CRISPR-Cas9 montrant [composants et interactions]. Annote [sgRNA, Cas9, PAM, site cible, DSB, voies de réparation]. Utilise un style vectoriel plat avec une double hélice d'ADN claire, disposition de gauche à droite. »
Prompts du mécanisme CRISPR-Cas9 à copier-coller
Ciblage et clivage
- Dessine le mécanisme CRISPR-Cas9 : une protéine Cas9 chargée d'un ARN guide unique (sgRNA) parcourant l'ADN double brin, reconnaissant la séquence PAM, le spacer du sgRNA s'appariant au brin cible complémentaire pour former une boucle R, et les deux domaines nucléase (RuvC et HNH) réalisant une cassure double-brin franche trois paires de bases en amont du PAM. Annote Cas9, sgRNA, PAM, protospacer/cible, RuvC, HNH et le site de coupure.
- Montre la structure du sgRNA : le crRNA (spacer + scaffold) fusionné au tracrRNA en un seul ARN guide, avec le spacer de 20 nucléotides qui définit la cible mis en évidence et annoté.
Réparation de l'ADN : NHEJ vs. HDR
- Dessine les deux issues de réparation de l'ADN après une cassure double-brin par Cas9, côte à côte : la jonction d'extrémités non homologues (NHEJ) produisant de petites insertions/délétions et un knockout de gène à gauche, et la réparation dirigée par homologie (HDR) utilisant une matrice donneuse pour introduire une édition précise (knock-in) à droite. Annote NHEJ, indels, knockout, HDR, matrice donneuse et édition précise.
Variantes et workflows
- Illustre l'édition de bases : une Cas9 à activité catalytique réduite (nickase) fusionnée à une désaminase convertissant une seule base (C→T ou A→G) sans cassure double-brin. Annote nCas9, désaminase, sgRNA, base cible et base éditée.
- Dessine un workflow d'édition génique CRISPR-Cas9 sous forme d'organigramme de gauche à droite : conception de l'ARN guide, clonage du vecteur, transfection/livraison cellulaire, sélection des clones édités, validation par génotypage et analyse du phénotype.
Comment obtenir des schémas CRISPR clairs et exacts
- Nommez chaque élément à annoter. Listez « sgRNA, Cas9, PAM, protospacer, RuvC, HNH, DSB ».
- Placez le PAM correctement. Indiquez à l'IA que le PAM (NGG pour SpCas9) se situe sur le brin non cible immédiatement en 3′ du protospacer, et que la coupure se fait ~3 pb en amont.
- Distinguez les deux voies de réparation. Demandez « NHEJ à gauche (indels, knockout) et HDR à droite (matrice donneuse, knock-in précis) » pour qu'elles se lisent comme des alternatives.
- Gardez l'ADN lisible. Demandez « une double hélice claire et régulièrement espacée » pour que l'appariement de bases et le site de coupure soient visibles.
- Itérez, ne recommencez pas. Affinez avec « rends le site de coupure plus net » ou « recolore l'ARN guide » au lieu de réécrire le prompt.
Erreurs fréquentes (et comment les corriger)
- PAM sur le mauvais brin ou au mauvais endroit. Correctif : précisez « PAM (NGG) immédiatement en 3′ du protospacer sur le brin non cible, coupure 3 pb en amont ».
- Coupure représentée comme un seul brin. Cas9 réalise une cassure double-brin. Correctif : ajoutez « cassure double-brin franche coupant les deux brins ».
- NHEJ et HDR fusionnées en une seule voie. Correctif : demandez deux branches clairement séparées avec des issues distinctes.
- ARN guide dessiné comme de l'ADN. Correctif : annotez-le « ARN guide unique (sgRNA) » et demandez qu'il soit visuellement distinct de la double hélice d'ADN.
- Texte illisible (typique des IA d'image génériques). Correctif : SciDraw AI affiche des étiquettes sans-serif nettes — relancez le prompt avec la formulation exacte si besoin.
Exportez et utilisez votre figure CRISPR
Une fois le mécanisme correct, exportez-le en SVG modifiable ou en PowerPoint (PPTX), ou téléchargez une image haute résolution pour votre manuscrit, vos diapositives ou votre poster. Envie d'autres prompts de mécanismes à adapter ? Voyez nos prompts de schémas de voies de signalisation. Besoin de corriger ou de traduire une étiquette ? Voyez comment modifier le texte et les étiquettes dans une figure IA.
Foire aux questions
Quel est le meilleur outil IA pour dessiner un schéma CRISPR-Cas9 ? Le générateur de schémas de voies de signalisation et le générateur de schémas de voies biologiques de SciDraw AI produisent des figures CRISPR prêtes à publier — ciblage par l'ARN guide, reconnaissance du PAM, cassure double-brin et réparation par NHEJ vs. HDR — avec des étiquettes nettes et un export modifiable.
Comment représenter correctement le PAM et le site de coupure ? Indiquez à l'IA que le PAM (NGG pour SpCas9) se situe immédiatement en 3′ du protospacer sur le brin non cible et que la coupure franche tombe à environ 3 pb en amont. Partez du prompt n° 1 ci-dessus.
Comment dessiner la réparation par NHEJ vs. HDR ? Demandez deux branches côte à côte : NHEJ produisant des indels et un knockout de gène, et HDR utilisant une matrice donneuse pour un knock-in précis. Le prompt n° 3 ci-dessus fait exactement cela.
Puis-je créer un schéma CRISPR gratuitement ? Oui — vous pouvez commencer à générer des schémas du mécanisme CRISPR-Cas9 gratuitement, puis passer à une formule supérieure pour plus de crédits et l'export modifiable SVG/PPTX.
La figure CRISPR est-elle assez exacte pour une publication ? Elle est conçue pour un rendu prêt à publier, mais vérifiez toujours la biologie de votre construction — placement du PAM, site de coupure et issues de réparation — et corrigez les étiquettes avant la soumission.
Commencez à créer
Choisissez l'un des prompts ci-dessus, collez-le dans le générateur de schémas de voies de signalisation et affinez-le dans l'éditeur SciDraw AI jusqu'à ce qu'il corresponde à votre expérience. Du ciblage par l'ARN guide au knock-in précis, votre prochaine figure CRISPR-Cas9 n'est qu'à une phrase.
