Le volcano plot place la taille d’effet en abscisse et la significativité en ordonnée. SciDraw produit une première figure directement depuis le tableau de résultats, puis SciVis sert aux retouches.
Quelles données préparer ?
Importez un seul fichier CSV, TSV, TXT, XLSX ou XLS. Pour Excel, la première feuille est utilisée. Un tableau propre au format long suffit généralement ; les six exemples montrent la structure attendue.
Chaque ligne correspond à un gène, une protéine ou un métabolite. Prévoyez un identifiant, le log2 fold change et la p-value ajustée ; la classe de significativité est facultative. Ne remplacez pas les valeurs manquantes par zéro.
Colonnes principales: feature, log2_fold_change, adjusted_p_value
Étape 1 : choisir un exemple ou importer un fichier
Ouvrez le générateur de volcano plots. Choisissez l’exemple le plus proche de votre étude ou importez votre fichier. Les exemples se génèrent directement et se téléchargent comme modèles.
Étape 2 : générer la première figure
Contrôlez les colonnes détectées, puis générez la figure. Le type de graphique est fixé par la page. Comparez ensuite valeurs et annotations statistiques à l’analyse d’origine.
Étape 3 : poursuivre dans SciVis
Le bouton « Continuer dans SciVis » ouvre le résultat dans l’espace SciVis. Vous pouvez y modifier libellés, couleurs, annotations, échelles, légende et mise en page.
Points à contrôler avant et après
- Utiliser de préférence des p-values corrigées pour tests multiples.
- Centrer l’axe des x sur 0 et afficher les seuils.
- Limiter les libellés aux résultats biologiquement utiles.
- Comparer le nombre de points et de résultats significatifs à l’analyse.
Questions fréquentes
- Faut-il R ou Python ? Non, mais l’analyse statistique doit toujours être réalisée avec une méthode adaptée.
- Un fichier suffit-il ? Oui dans la plupart des cas : groupes, séries ou sous-groupes tiennent dans les colonnes d’un même tableau long.
- Excel est-il accepté ? Oui pour XLSX et XLS, mais seule la première feuille est lue.
Créer la figure
Partez d’un des six exemples ou de votre fichier. Générez la première version, finalisez-la dans SciVis et contrôlez toutes les valeurs avant export.
