Ein Volcano Plot stellt die Effektgröße auf der x-Achse und die statistische Signifikanz auf der y-Achse dar. SciDraw erzeugt den ersten Entwurf direkt aus der Ergebnistabelle; die weitere Gestaltung erfolgt in SciVis.
Welche Daten werden benötigt?
Laden Sie jeweils eine CSV-, TSV-, TXT-, XLSX- oder XLS-Datei hoch. Bei Excel wird das erste Tabellenblatt verwendet. Eine aufgeräumte Tabelle im Langformat reicht meist aus; sechs Beispiele zeigen die erwartete Spaltenstruktur.
Eine Zeile entspricht einem Gen, Protein oder Metaboliten. Benötigt werden Bezeichner, log2-Fold-Change und adjustierter p-Wert; eine Signifikanzklasse ist optional. Fehlende Werte dürfen nicht als 0 behandelt werden.
Wichtige Spalten: feature, log2_fold_change, adjusted_p_value
Schritt 1: Beispiel wählen oder Datei hochladen
Öffnen Sie den Volcano-Plot-Generator. Wählen Sie ein passendes Beispiel oder laden Sie Ihre Datei hoch. Beispieldaten können direkt erzeugt oder als Vorlage heruntergeladen werden.
Schritt 2: Erste Abbildung erzeugen
Prüfen Sie die erkannten Spalten und erzeugen Sie die Grafik. Der Diagrammtyp ist durch die Tool-Seite vorgegeben. Gleichen Sie Werte und statistische Anmerkungen danach mit Ihrer Originalanalyse ab.
Schritt 3: In SciVis weiterbearbeiten
Mit „In SciVis weiterbearbeiten“ wechselt das Ergebnis in den SciVis-Arbeitsbereich. Dort ändern Sie Beschriftungen, Farben, Anmerkungen, Skalen, Legende und Layout.
Prüfliste vor und nach der Erstellung
- Adjustierte p-Werte für multiple Tests verwenden.
- Die x-Achse um 0 zentrieren und Schwellen sichtbar machen.
- Nur wenige biologisch relevante Treffer beschriften.
- Punktzahl und Zahl signifikanter Merkmale mit der Analyse abgleichen.
Häufige Fragen
- Sind R oder Python nötig? Nein; die statistische Auswertung selbst muss dennoch mit einer geeigneten Methode erfolgen.
- Reicht eine Datei? Meist ja. Gruppen, Reihen oder Untergruppen werden als Spalten derselben Langformtabelle geführt.
- Funktioniert Excel? XLSX und XLS werden unterstützt, jedoch nur das erste Tabellenblatt gelesen.
Jetzt erstellen
Beginnen Sie mit einem der sechs Beispiele oder Ihrer eigenen Datei. Erzeugen Sie den Entwurf, stellen Sie ihn in SciVis fertig und prüfen Sie vor dem Export alle Werte.
