Come creare un diagramma UpSet per l'intersezione di set di dati

• Conteggiare due volte un'intersezione: è fondamentale stabilire se le barre debbano rappresentare intersezioni esclusive o sovrapposizioni inclusive.
• Utilizzare identificatori non coerenti: stringhe come Gene-1, gene1 e Gene_1 potrebbero essere interpretate come elementi distinti dal software.
• Lasciare duplicati all'interno di un set: la relazione di appartenenza è normalmente binaria; record ripetuti non devono gonfiare artificialmente il conteggio di un'intersezione.
• Ordinare i dati senza specificare il criterio: le barre delle intersezioni possono essere ordinate per dimensione, per grado di intersezione o secondo una priorità biologica predefinita.
• Mostrare troppe intersezioni di dimensioni irrilevanti: si consiglia di applicare un filtro basato su una regola esplicita e dichiarata, conservando comunque il set di dati completo in un archivio separato.

Quali dati sono necessari per un diagramma UpSet?

Gli esempi di SciDraw utilizzano una tabella di appartenenza binaria in formato "wide" (orizzontale):

Aggiungi una colonna per ogni set; l'esempio di base ne usa cinque.

È possibile scaricare il file CSV UpSet di base o l' esempio con set di geni. Ogni riga deve descrivere un singolo elemento univoco e ogni colonna corrispondente ai set deve utilizzare una codifica vero/falso coerente.

Passo 1: Definire i set prima della visualizzazione

Prima di procedere, occorre stabilire con precisione i criteri che determinano l'inclusione di un elemento in ciascun set. Nel caso di liste di geni differenzialmente espressi, ad esempio, ciò potrebbe richiedere l'applicazione rigorosa di una soglia sul p-value corretto e sul fold-change per tutte le condizioni. Per le coorti cliniche, si farà riferimento a criteri di inclusione documentati. Il diagramma non può correggere definizioni di set incoerenti all'origine.

Passo 2: Caricare la tabella di appartenenza

Accedi all' UpSet Plot Generator, seleziona uno dei sei esempi predefiniti oppure carica un file in formato CSV, TSV, TXT, XLSX o XLS. Controlla l'anteprima per individuare eventuali identificatori duplicati, celle vuote o colonne che sono state erroneamente interpretate come testo.

Passo 3: Verificare la matrice e le barre

Ogni colonna della matrice rappresenta una specifica intersezione. I punti pieni indicano i set inclusi in quell'intersezione, mentre una linea verticale collega i punti quando l'intersezione coinvolge più di un set. La barra sovrastante indica la dimensione di tale intersezione. Le barre orizzontali posizionate a sinistra mostrano invece la dimensione totale di ciascun set.

Si consiglia di calcolare manualmente alcune intersezioni chiave direttamente dalla tabella sorgente per verificare la corrispondenza con l'altezza delle barre. Questa verifica è particolarmente importante dopo l'applicazione di filtri o quando un elemento può comparire in più file di origine.

Passo 4: Scegliere un criterio di ordinamento rigoroso

L'ordinamento in base alla dimensione dell'intersezione (intersection size) aiuta il lettore a individuare immediatamente le sovrapposizioni dominanti. L'ordinamento per grado (degree) raggruppa le intersezioni a set singolo, quelle a coppie e quelle di ordine superiore. Un ordinamento personalizzato può essere giustificato quando un confronto specifico è centrale per l'ipotesi di ricerca, ma non deve mai essere scelto al solo scopo di enfatizzare artificialmente un risultato.

Utilizza SciVis per regolare le etichette, la spaziatura e i colori. È possibile evidenziare un'intersezione di particolare rilevanza biologica mantenendo il resto della matrice su toni neutri.

Come interpretare un diagramma UpSet

L'analisi del grafico parte da una delle barre verticali (dimensione dell'intersezione): muovendosi verso il basso lungo la colonna corrispondente, si osservano i punti pieni nella matrice per identificare quali set sono coinvolti. Ad esempio, una colonna che presenta punti pieni in corrispondenza di Trattamento A e Trattamento B, ma non di Controllo, rappresenta gli elementi esclusivi di quella specifica combinazione (qualora si utilizzi la modalità di intersezione esclusiva).

Le barre della dimensione dei set (set-size) e quelle delle intersezioni (intersection-size) rispondono a domande scientifiche differenti. Un set molto ampio può contenere pochissimi elementi esclusivi se la maggior parte dei suoi membri è condivisa con altri gruppi.

Diagramma UpSet o diagramma di Venn?

• Scegli il Venn Diagram Maker per sistemi a due o tre set, dove la metafora spaziale delle aree sovrapposte risulta immediata e familiare.
• Scegli un diagramma UpSet per quattro o più set, o in tutti i casi in cui sia necessario confrontare con precisione quantitativa le dimensioni delle intersezioni.
• Scegli il Sankey Diagram Generator se l'obiettivo dello studio riguarda la transizione o il flusso di elementi tra stati diversi, piuttosto che l'appartenenza statica a dei gruppi.

Domande frequenti (FAQ)

È possibile creare un diagramma UpSet senza usare R?

Sì. È sufficiente caricare una tabella di appartenenza binaria sull' UpSet Plot Generator, generare la figura e completare la personalizzazione grafica all'interno di SciVis.

Le colonne di appartenenza possono contenere valori TRUE e FALSE?

I valori booleani coerenti sono supportati, tuttavia gli esempi inclusi utilizzano la codifica con 1 e 0 poiché risulta universalmente interpretata senza ambiguità sia dai file CSV che dai principali software di fogli di calcolo.

Che cos'è il grado di intersezione (intersection degree)?

Il grado rappresenta il numero di set coinvolti in una determinata intersezione. Un singolo punto pieno corrisponde a un grado pari a uno; tre punti pieni collegati da una linea verticale corrispondono a un grado pari a tre.

È necessario mostrare ogni singola intersezione possibile?

Non necessariamente. Sistemi complessi con molti set possono generare un numero elevato di intersezioni vuote o trascurabili. In questi casi, è preferibile applicare e dichiarare una regola trasparente di filtraggio (ad esempio, impostando una dimensione minima o mostrando solo le prime intersezioni), piuttosto che rimuovere manualmente i dati non in linea con le aspettative.

Crea la tua figura

Inizia caricando i tuoi dati sull' UpSet Plot Generator, verifica la correttezza dei conteggi principali rispetto alla tabella di partenza e consulta la nostra guida alla visualizzazione dei dati scientifici per scegliere il formato di grafico più adatto alla tua pubblicazione.