Il volcano plot pone la dimensione dell’effetto sull’asse x e la significatività sull’asse y. SciDraw crea una prima versione dalla tabella dei risultati; SciVis serve per le modifiche successive.
Quali dati preparare?
Carica un solo file CSV, TSV, TXT, XLSX o XLS. Per Excel viene usato il primo foglio. Una tabella ordinata in formato lungo è in genere sufficiente; i sei esempi mostrano la struttura attesa.
Ogni riga rappresenta un gene, una proteina o un metabolita. Servono identificatore, log2 fold change e p corretta; la classe di significatività è facoltativa. Non convertire i dati mancanti in zero.
Colonne principali: feature, log2_fold_change, adjusted_p_value
Passaggio 1: scegli un esempio o carica il file
Apri il generatore di volcano plot. Scegli l’esempio più vicino allo studio oppure carica il tuo file. Gli esempi si possono generare subito o scaricare come modello.
Passaggio 2: genera la prima figura
Controlla le colonne rilevate e genera la figura. Il tipo di grafico è già definito dalla pagina. Verifica poi valori e annotazioni statistiche rispetto all’analisi originale.
Passaggio 3: continua in SciVis
Con «Continua a modificare in SciVis» il risultato si apre nello spazio SciVis, dove puoi cambiare etichette, colori, annotazioni, scale, legenda e impaginazione.
Controlli prima e dopo la generazione
- Preferire p-value corretti per confronti multipli.
- Centrare l’asse x su 0 e mostrare le soglie.
- Etichettare pochi risultati biologicamente rilevanti.
- Confrontare punti e risultati significativi con l’analisi.
Domande frequenti
- Servono R o Python? No, ma l’analisi statistica va comunque eseguita con un metodo appropriato.
- Basta un file? Di solito sì: gruppi, serie o sottogruppi diventano colonne della stessa tabella lunga.
- Excel è supportato? Sì, XLSX e XLS, ma viene letto solo il primo foglio.
Inizia a creare
Parti da uno dei sei esempi o dal tuo file. Genera la bozza, completala in SciVis e controlla tutti i valori prima dell’esportazione.
