科学ダイアグラム記法リファレンス
パスウェイ図やメカニズム図を描くとき、選んだ矢印そのものが意味を持ちます。尖った矢先は活性化、平らな T 字は阻害、白抜きの丸は触媒を表します。このページでは、それぞれの関係に対応する正しい記号を示し、引用できる正式な標準に裏付けられた記号と、単に広く使われているだけの慣習とを区別して解説します。
SBGN プロセス記述（Process Description）アーク（正式標準）
システム生物学図形記法（SBGN）のプロセス記述言語は、ある実体がプロセスにどう作用するかについて、正確な線端形状を定義しています。以下は標準的な形状で、下のグリフは公式の SBGN PD Level 1 ユーザーマニュアルに合わせて描いています。
| グリフ | アーク | 意味 | 線端（SBGN PD マニュアル準拠） |
|---|---|---|---|
| 消費 | 反応物がプロセスによって消費される | 先端に記号のない単純な線 | |
| 生成 | プロセスが生成物を産出する | 塗りつぶした（中実の）矢尻 | |
| 促進 / 活性化 | プロセスのフラックスに正の影響を与える | 白抜き（塗りつぶしのない）矢尻 | |
| 触媒 | 促進の特殊な場合（酵素がプロセスを触媒する） | 白抜きの円 | |
| 阻害 | プロセスのフラックスに負の影響を与える | アークに垂直な棒（T 字バー） | |
| 調節 | 正負を指定せずにフラックスに影響を与える | 白抜きのひし形 | |
| 必須促進 | プロセスの進行に必要とされる促進 | 棒に続く白抜きの矢尻 |
記法の標準と慣例
どれが正式でバージョン管理された標準で、どれが慣例か。正式な標準には引用できる公式仕様がありますが、慣例は広く使われていても標準化されていません。
機構的・時間的な生化学プロセス — 教科書の代謝経路や制御経路に最も近い。プロセスノードと 9 種類のアークを定義する。
維持管理: SBGN コミュニティ（COMBINE の傘下） · Level 1 (current PD version, successor to V2.0 2019 / V1.3 2015)
時間的側面を問わず、エンティティが関与するすべての関係。（個々の ER グリフの形状はここでは再現していない — 公式仕様を参照。）
維持管理: SBGN コミュニティ（COMBINE の傘下） · Level 1 Version 2.0 (2015)
生化学的エンティティ間の情報/影響の流れ — 摂動の効果を示すのに有用。（個々の AF グリフの形状はここでは再現していない — 公式仕様を参照。）
維持管理: SBGN コミュニティ（COMBINE の傘下） · Level 1 Version 1.2 (2015)
尖った矢尻 = 活性化、平らな棒/T 字バー = 阻害。図が SBGN を宣言している場合に形式化される。単なる分子生物学の図では標準ではなく共有された慣習にすぎない。
維持管理: コミュニティの慣行（SBGN 内でのみ形式化） · N/A
無作為化比較試験における参加者の流れを 4 段階で示す：Enrollment（登録）→ Allocation（割り付け）→ Follow-Up（追跡）→ Analysis（解析）。各段階の移行で人数と除外例を記録する。
維持管理: CONSORT Group · CONSORT 2025 (updates 2001, 2010)
電気技術/電子回路の図記号に関する国際規格。ヨーロッパ、中国、オーストラリア、アジアの多くの地域で使用される。
維持管理: 国際電気標準会議（IEC） · Maintained symbol database (~1,900 symbols)
北米の回路図記号および参照指示文字。一部の素子の形状は異なるものの、IEC とおおむね互換性が保たれている。
維持管理: IEEE · IEEE 315 (Inactive-Reserved since 7 Nov 2019)
よくある質問
活性化と抑制はどう描くべきですか？
SBGN では、刺激／活性化は中空（塗りつぶさない）の矢じりで終わり、抑制は線に垂直なバー（T バー）で終わります。SBGN の外ではこの対応は義務的な標準ではなく一般的な慣例ですが、これに従えば凡例なしでも figure が読みやすくなります。
パスウェイ図に SBGN は必須ですか？
いいえ——SBGN は任意です。パスウェイ図や機構図を曖昧さなく示すために採用できる正式な標準で、3つの言語（プロセス記述、実体関係、活動フロー）があります。多くの発表済み figure は、仕様に正式に従わずに SBGN 風の慣例を使っています。
回路図や試験フロー図はどの標準に従いますか？
回路記号は IEC 60617（国際）と IEEE/ANSI 315（北米、現在は inactive-reserved）で標準化されています。ランダム化試験の参加者フローは CONSORT フロー図に従います。これは登録、割付、追跡、解析の4段階からなる正式な報告標準です。
パスウェイ図、機構図、装置図を作成する必要がありますか？
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