無料系統樹メーカー

系統樹とは

系統樹（進化系統樹、系統発生図、または生命の樹の一部とも呼ばれます）は、種・遺伝子・系統が共通祖先を通じてどう関連しているかを示す分岐図です。末端の先端は比較される分類群を表し、内部ノードは共通祖先を示し、枝長は遺伝的分岐や進化時間を表すことができます。この系統樹メーカーは、記述された分類群と関係を、きれいでラベル付きの系統樹の図に描きます。生の配列データから系統を推定するのではなく、図を配置して注釈を付けるものなので、公表された樹形図を描き直したり、進化的関係を分かりやすく示したりするのに最適です。

系統樹メーカーを使う理由

• 系統樹は進化生物学・ゲノミクス・疫学・比較解剖学の基礎であり、学生も研究者も絶えず構築しています。
• MEGA・IQ-TREE・FigTreeなどの専門ソフトは習得が難しく、図を描くだけのために生の配列データを要求します。
• テキストの記述から進化系統樹を描く方が、バイオインフォマティクスのパイプラインからのSVG書き出しと格闘するよりはるかに速いです。
• 枝長によって、系統樹は分岐時間や遺伝的変化を示せます。これは単純な分岐図では伝えられない定量的な意味です。
• きれいでラベル付きの系統発生図は、論文・スライド・ポスター・生物学の授業で進化的関係を読み取りやすくします。

系統樹の作り方

分類群（種・遺伝子・系統）を挙げ、示したい関係を記述します。分岐の順序、どの分類群が外群か、枝長の情報（分岐時間や遺伝的距離）、共通祖先名やブートストラップ支持度などのノードラベルです。分子系統樹の場合は使用したマーカー（16S rRNA、シトクロムb、ITSなど）に言及し、時間較正された樹形樹の場合はおおよその分岐年代を加えます。樹形樹を生成したら、姉妹群が意図した進化的関係と一致するか確認します。系統樹の図が思いどおりに読めるようになるまで、記述を調整して系統樹形・枝長・ラベルを変更してください。

系統樹の構成要素

• 分類群（葉の先端）— 比較される種・遺伝子・系統で、枝の末端に配置されます。
• 枝 — 祖先からその子孫への系統をたどる接続線。
• 内部ノード — そこから派生する群が共有する仮想的な共通祖先を表す分岐点。
• 根 — 樹形樹内のすべての分類群の最も古い共通祖先で、通常は図全体の向きを定める外群によって設定されます。
• 枝長 — 真の系統樹（分岐図とは異なり）では、遺伝的変化や進化時間にスケールできます。
• クレードとラベル — 命名された群・外群マーカー・支持値（ブートストラップや事後確率）が樹形樹に注釈を付けます。