ヒートマップ生成ツール
CSV データを論文品質の科学ヒートマップに変換
ヒートマップジェネレーターは、構造化された研究データをこの図に適した統計的表現へ変換します。遺伝子発現ヒートマップ、細胞生存率スクリーニングプレートなどに利用でき、Pythonで再現可能な初稿を作成した後、SciVisで見た目を整えられます。
ヒートマップジェネレーターの作例とダウンロード用データ
作例を開くとグラフを確認し、対応するCSVをダウンロードするか、上の作成ツールへ同じデータを読み込めます。
このヒートマップ生成ツールでできること
ヒートマップジェネレーターは、構造化された研究データをこの図に適した統計的表現へ変換します。遺伝子発現ヒートマップ、細胞生存率スクリーニングプレートなどに利用でき、Pythonで再現可能な初稿を作成した後、SciVisで見た目を整えられます。
研究でヒートマップが使われる理由
- 多くのサンプル、条件、測定値を1枚のコンパクトな図で比較できます。
- 高値・低値の領域、ブロック、勾配、外れたセルをすばやく見つけられます。
- 0など意味のある中点を持つ値には発散型スケールを使えます。
- 生の行列を、論文、ポスター、発表に使えるラベル付き図へ変換できます。
- 生成結果を SciVis に送り、注釈、色、レイアウト、書き出しを調整できます。
CSV データからヒートマップを作る方法
横軸カテゴリ、縦軸カテゴリ、セルの色を決める数値をそれぞれ1列にした tidy data を用意します。ファイルまたはサンプルを読み込み、プレビューを確認して最初のヒートマップを生成します。そのままダウンロードするか、SciVis で編集を選んで調整を続けます。
科学ヒートマップに必要な要素
- 意味が明確な行変数と列変数。
- データに合った連続型または発散型のカラースケール。
- 単位、スコアの種類、相関範囲を示した凡例。
- 不要な装飾のない読みやすいカテゴリラベル。
- fold change、z スコア、相関に対する意味のある中点。
- 投稿先やスライドに適した解像度と書き出し形式。
ヒートマップ生成ツールのよくある質問
ヒートマップにはどのデータ形式が適していますか？
X軸カテゴリ、Y軸カテゴリ、色を決める数値をそれぞれ1列にした tidy data が最適です。CSV、TSV、TXT、XLSX、XLS に対応しています。
遺伝子発現ヒートマップを作れますか？
はい。遺伝子を行、サンプルを列にし、発現量、fold change、z スコアを色に使います。すぐに試せるサンプル CSV も用意しています。
ヒートマップジェネレーターと相関行列 ジェネレーターの使い分け
遺伝子発現、スクリーニングプレート、特徴量行列などの実測値には一般ヒートマップを使います。各セルが変数間の相関係数なら相関行列ツールを使います。
生成後にヒートマップを編集できますか？
はい。ツールページで最初のグラフを生成し、「SciVis で編集」から色、ラベル、レイアウト、注釈などを完全版ワークスペースで変更できます。
どの書き出し形式に対応していますか？
プレビューは PNG でダウンロードできます。SciVis では、結果に応じて PDF、TIFF、EPS など論文向け形式も利用できます。
サンプル画像は配布データから生成されていますか？
はい。各サンプル図は対応する CSV から描画しています。同じ構造を再現してから、ご自身の測定値に置き換えられます。
