Бесплатный конструктор дендрограммы

Что такое дендрограмма?

Дендрограмма — это древовидная диаграмма, создаваемая иерархической кластеризацией, которая показывает, как отдельные элементы последовательно объединяются в кластеры. Высота, на которой соединяются две ветви, — это расстояние связи между этими кластерами, так что ветви, соединяющиеся низко, представляют более похожие элементы, а ветви, соединяющиеся высоко, — более далёкие. Этот конструктор дендрограммы превращает текстовое описание в аккуратное подписанное дерево иерархической кластеризации — вы описываете ваши элементы, расстояния или кластеры и любую линию разреза, а ИИ создаёт правильно пропорционированный рисунок с осью расстояния связи, подписанными листьями и необязательными цветными кластерами, и всё это без таблиц и программирования.

Зачем нужен конструктор дендрограммы

• Дендрограммы — стандартный способ показать структуру иерархической кластеризации и то, как элементы группируются на разных уровнях сходства.
• Построение дерева кластеров публикационного качества в R, scipy или seaborn требует кода связи и форматирования, отвлекающих от анализа.
• Студенты, изучающие иерархическую кластеризацию и связь, понимают слияния и расстояние гораздо лучше по чётко подписанной дендрограмме.
• Исследователям нужны быстрые, презентабельные дендрограммы кластеров для слайдов, лабораторных отчётов и статей в геномике, экологии и таксономии.
• Изменить элементы, число кластеров или место разреза дерева и перегенерировать намного быстрее, чем редактировать код кластеризации вручную.

Как построить дендрограмму

Назовите кластеризуемые элементы и опишите, как они группируются — какие из них наиболее похожи и сливаются первыми, а какие образуют отдельные кластеры. Затем добавьте нужные визуальные элементы: ось расстояния связи или высоты, ветви, раскрашенные по кластерам, пунктирную горизонтальную линию разреза, задающую число кластеров, горизонтальную ориентацию или прикреплённую тепловую карту. Сгенерируйте дендрограмму, проверьте подписи листьев, высоты слияний и цвета кластеров и уточните описание, если что-то неясно.

Части дендрограммы

• Листья — кончики дерева, по одному на кластеризуемый элемент, каждый с подписью, например именем образца или вида.
• Ветви и узлы — линии и точки слияния, где два кластера соединяются в один по мере движения вверх по дереву.
• Ось расстояния / высоты — шкала расстояния связи, на которой размещается каждое слияние; более низкие слияния означают более похожие элементы.
• Порядок листьев — упорядочивание листьев слева направо (или сверху вниз), выбранное так, чтобы ветви не пересекались.
• Цветные кластеры — необязательная раскраска ветвей на группы после разреза дерева на выбранной высоте.
• Линия разреза — горизонтальная линия поперёк дерева, разрезающая его на выбранное число кластеров.