Como Criar um Gráfico UpSet para Interseções de Conjuntos

• Contar uma interseção duas vezes: decida se as barras representarão interseções exclusivas ou sobreposições inclusivas.
• Usar identificadores inconsistentes: Gene-1, gene1 e Gene_1 podem ser interpretados como itens distintos pelo sistema.
• Manter duplicatas em um mesmo conjunto: a relação de pertinência é normalmente binária; registros repetidos não devem inflar artificialmente uma interseção.
• Ordenar sem explicitar o critério: as barras de interseção podem ser ordenadas por tamanho, grau ou por uma prioridade biológica predefinida.
• Exibir excesso de interseções insignificantes: filtre os dados apenas sob uma regra declarada e preserve o conjunto completo de dados em um material suplementar.

De quais dados um gráfico UpSet precisa?

Os exemplos da SciDraw utilizam uma tabela de pertinência binária em formato largo (wide format):

Adicione uma coluna por conjunto; o exemplo básico usa cinco.

Baixe o CSV básico do UpSet ou o exemplo de conjunto de genes. Cada linha deve descrever um único item exclusivo, e cada coluna de conjunto deve adotar uma representação booleana consistente.

Passo 1: Defina os conjuntos antes de plotar

Documente formalmente os critérios que qualificam um item para cada conjunto. Para listas de expressão diferencial, isso pode exigir uma regra de p-valor ajustado e de mudança de dobra (fold-change) aplicada uniformemente entre as condições. Para coortes, pode ser um critério de inclusão bem definido. O gráfico não é capaz de corrigir definições inconsistentes de conjuntos de dados.

Passo 2: Envie a tabela de pertinência

Abra o Gerador de Gráfico UpSet, escolha um dos seis exemplos disponíveis ou faça o upload de arquivos nos formatos CSV, TSV, TXT, XLSX ou XLS. Verifique a visualização prévia para identificar identificadores de itens duplicados, células de pertinência ausentes ou colunas que tenham sido interpretadas incorretamente como texto.

Passo 3: Verifique a matriz e as barras

Cada coluna da matriz representa uma interseção específica. Os pontos preenchidos indicam os conjuntos incluídos naquela combinação, e uma linha vertical conecta esses pontos quando a interseção envolve mais de um conjunto. A barra localizada logo acima da coluna indica o seu tamanho. Já as barras horizontais à esquerda mostram o tamanho total de cada conjunto individual.

Calcule manualmente algumas interseções importantes a partir da sua tabela original e confirme se a altura das barras corresponde aos valores esperados. Essa validação é crucial após a aplicação de filtros ou quando um mesmo item pode constar em múltiplos arquivos de origem.

Passo 4: Escolha uma ordenação justificável

A ordenação pelo tamanho da interseção ajuda o leitor a identificar rapidamente as sobreposições dominantes. A ordenação por grau agrupa as interseções de conjunto único, seguidas pelas de par em par (binárias) e, por fim, as de ordem superior. Uma ordenação personalizada pode ser justificada quando uma comparação predefinida é o foco central do estudo, mas ela nunca deve ser escolhida apenas para fazer um resultado específico parecer mais proeminente.

Utilize o SciVis para ajustar rótulos, espaçamentos e cores. Destaque uma interseção de grande relevância biológica mantendo o restante da matriz em tons neutros.

Como ler um gráfico UpSet

Comece escolhendo uma barra de tamanho de interseção, desça verticalmente até a sua respectiva coluna de pontos na matriz e identifique quais linhas de conjuntos possuem pontos preenchidos. Uma coluna com pontos preenchidos para Tratamento A e Tratamento B, mas vazia para Controle, representa os itens presentes exclusivamente nessa combinação exata (quando o gráfico estiver configurado para interseções exclusivas).

As barras de tamanho dos conjuntos e as barras de tamanho das interseções respondem a perguntas científicas distintas. Um conjunto muito grande pode conter pouquíssimos itens exclusivos se a maior parte de seus membros for compartilhada com outros grupos.

Gráfico UpSet ou Diagrama de Venn?

• Use um Gerador de Diagrama de Venn para dois ou três conjuntos, situações em que a metáfora espacial familiar é altamente eficaz.
• Use um gráfico UpSet para quatro ou mais conjuntos, ou sempre que houver necessidade de comparar com precisão quantitativa o tamanho das interseções.
• Use um Gerador de Diagrama de Sankey quando a sua pergunta de pesquisa envolver fluxo, transição ou movimento, em vez de uma relação estática de pertinência.

Perguntas Frequentes (FAQ)

É possível criar um gráfico UpSet sem usar programação em R?

Sim. Basta enviar sua tabela de pertinência binária para o Gerador de Gráfico UpSet, gerar a figura e prosseguir com a edição estética diretamente no SciVis.

As colunas de pertinência podem conter os valores TRUE e FALSE?

Valores booleanos consistentes podem funcionar, mas os exemplos integrados utilizam 1 e 0 por serem universalmente interpretados sem ambiguidades por diferentes softwares de planilhas e arquivos CSV.

O que é o grau de interseção?

O grau representa o número de conjuntos que participam de uma determinada interseção. Um único ponto preenchido isolado possui grau um; três pontos conectados verticalmente possuem grau três.

Devo exibir todas as interseções possíveis no gráfico?

Não necessariamente. Sistemas com muitos conjuntos podem gerar uma grande quantidade de interseções vazias ou irrelevantes. Aplique e declare formalmente uma regra de tamanho mínimo ou limite-se às principais interseções (top-intersections), em vez de remover resultados indesejados manualmente.

Crie a sua figura

Comece importando seus dados no Gerador de Gráfico UpSet, valide as contagens principais contra a sua tabela de pertinência e consulte o nosso guia de visualização de dados científicos para explorar outras opções de gráficos adequadas ao seu projeto.