Riferimento sulla notazione dei diagrammi scientifici
Quando disegni uno schema di pathway o di meccanismo, la freccia che scegli porta con sé un significato: una punta a freccia indica attivazione, una barra a T indica inibizione, un cerchio vuoto indica catalisi. Questa pagina mostra il glifo corretto per ogni relazione e indica quali simboli sono definiti da uno standard formale citabile e quali sono invece solo convenzioni ampiamente diffuse.
Archi SBGN Process Description (standard formale)
Il linguaggio Process Description della Systems Biology Graphical Notation (SBGN) definisce forme precise di terminazione delle linee per il modo in cui un'entità agisce su un processo. Queste sono le forme canoniche; i glifi qui sotto sono disegnati per corrispondere all'SBGN PD Level 1 User Manual ufficiale.
| Glifo | Arco | Significato | Terminazione della linea (secondo il manuale SBGN PD) |
|---|---|---|---|
| Consumo | Un reagente è consumato da un processo | Una linea semplice senza simbolo all'estremità | |
| Produzione | Un processo produce un prodotto | Una punta di freccia piena | |
| Stimolazione / attivazione | Influisce positivamente sul flusso di un processo | Una punta di freccia vuota (non piena) | |
| Catalisi | Un caso particolare di stimolazione (un enzima catalizza un processo) | Un cerchio vuoto | |
| Inibizione | Influisce negativamente sul flusso di un processo | Una barra perpendicolare all'arco (barra a T) | |
| Modulazione | Influisce sul flusso senza specificare un segno positivo o negativo | Un rombo vuoto | |
| Stimolazione necessaria | Stimolazione richiesta perché il processo avvenga | Una barra seguita da una punta di freccia aperta |
Standard e convenzioni di notazione
Quali sistemi sono standard formali e versionati e quali sono convenzioni. Gli standard formali hanno una specifica ufficiale citabile; le convenzioni sono ampiamente usate ma non standardizzate.
Processi biochimici meccanicistici e temporali — i più vicini alle vie metaboliche e regolatorie dei manuali. Definisce i nodi di processo e nove archi.
Gestito da: Comunità SBGN (nell'ambito di COMBINE) · Level 1 (current PD version, successor to V2.0 2019 / V1.3 2015)
Tutte le relazioni a cui partecipa un'entità, indipendentemente dagli aspetti temporali. (Le forme dei singoli glifi ER non sono riprodotte qui — vedi la specifica ufficiale.)
Gestito da: Comunità SBGN (nell'ambito di COMBINE) · Level 1 Version 2.0 (2015)
Flusso di informazione/influenza tra entità biochimiche — utile per gli effetti di perturbazione. (Le forme dei singoli glifi AF non sono riprodotte qui — vedi la specifica ufficiale.)
Gestito da: Comunità SBGN (nell'ambito di COMBINE) · Level 1 Version 1.2 (2015)
Punta di freccia appuntita = attivazione, barra piatta/barra a T = inibizione. Formalizzato quando una figura dichiara SBGN; in una semplice figura di biologia molecolare è una convenzione condivisa, non uno standard.
Gestito da: Prassi della comunità (formalizzata solo all'interno di SBGN) · N/A
Flusso dei partecipanti in uno studio controllato randomizzato in quattro fasi: Arruolamento → Assegnazione → Follow-Up → Analisi, registrando conteggi ed esclusioni a ogni passaggio.
Gestito da: CONSORT Group · CONSORT 2025 (updates 2001, 2010)
Standard internazionale per i simboli dei diagrammi elettrotecnici/elettronici. Usato in Europa, Cina, Australia e in gran parte dell'Asia.
Gestito da: International Electrotechnical Commission (IEC) · Maintained symbol database (~1,900 symbols)
Simboli schematici nordamericani e lettere di designazione di riferimento. Mantenuto ampiamente compatibile con IEC, benché alcune forme di componenti differiscano.
Gestito da: IEEE · IEEE 315 (Inactive-Reserved since 7 Nov 2019)
Domande frequenti
Come vanno disegnate attivazione e inibizione?
In SBGN, la stimolazione/attivazione termina con una punta di freccia vuota (non riempita) e l'inibizione termina con una barra perpendicolare alla linea (una barra a T). Fuori da SBGN questo stesso abbinamento è una convenzione comune piuttosto che uno standard obbligatorio, ma seguirlo mantiene la figura leggibile senza legenda.
SBGN è obbligatorio per le figure di pathway?
No — SBGN è facoltativo. È uno standard formale che puoi adottare per rendere inequivocabile una figura di pathway o meccanismo, con tre linguaggi (Process Description, Entity Relationship, Activity Flow). Molte figure pubblicate usano convenzioni simili a SBGN senza seguirne formalmente la specifica.
Quale standard regola i diagrammi di circuiti o di flusso degli studi clinici?
I simboli dei circuiti sono standardizzati da IEC 60617 (internazionale) e IEEE/ANSI 315 (Nord America, ora inattivo-riservato). Il flusso dei partecipanti negli studi randomizzati segue il diagramma di flusso CONSORT — uno standard formale di reporting con quattro fasi: Arruolamento, Allocazione, Follow-Up, Analisi.
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