ヒートマップ生成ツール

このヒートマップ生成ツールでできること

ヒートマップジェネレーターは、構造化された研究データをこの図に適した統計的表現へ変換します。遺伝子発現ヒートマップ、細胞生存率スクリーニングプレートなどに利用でき、Pythonで再現可能な初稿を作成した後、SciVisで見た目を整えられます。

研究でヒートマップが使われる理由

• 多くのサンプル、条件、測定値を1枚のコンパクトな図で比較できます。
• 高値・低値の領域、ブロック、勾配、外れたセルをすばやく見つけられます。
• 0など意味のある中点を持つ値には発散型スケールを使えます。
• 生の行列を、論文、ポスター、発表に使えるラベル付き図へ変換できます。
• 生成結果を SciVis に送り、注釈、色、レイアウト、書き出しを調整できます。

CSV データからヒートマップを作る方法

横軸カテゴリ、縦軸カテゴリ、セルの色を決める数値をそれぞれ1列にした tidy data を用意します。ファイルまたはサンプルを読み込み、プレビューを確認して最初のヒートマップを生成します。そのままダウンロードするか、SciVis で編集を選んで調整を続けます。

科学ヒートマップに必要な要素

• 意味が明確な行変数と列変数。
• データに合った連続型または発散型のカラースケール。
• 単位、スコアの種類、相関範囲を示した凡例。
• 不要な装飾のない読みやすいカテゴリラベル。
• fold change、z スコア、相関に対する意味のある中点。
• 投稿先やスライドに適した解像度と書き出し形式。