Генератор графиков «вулкан»
Превратите данные дифференциальной экспрессии в рисунок для публикации
Опишите свои результаты RNA-seq, протеомики или дифференциальной экспрессии — и ИИ построит аккуратный график «вулкан» с порогами значимости, цветовым выделением повышенно и пониженно экспрессирующихся генов и подписями ключевых генов, готовый для рукописи и доклада.
Примеры графиков «вулкан»
Нажмите на любой пример, чтобы загрузить его запрос, или используйте его как отправную точку для своего графика «вулкан».
Что делает этот генератор графиков «вулкан»?
Он превращает описание ваших результатов дифференциальной экспрессии в аккуратный график «вулкан» с подписями — диаграмму рассеяния, где по оси X отложен log2 fold change, а по оси Y — статистическая значимость (−log10 p-значения). Вы описываете сравнение, пороги и гены, которые хотите выделить, а ИИ расставляет точки, пунктирные линии отсечки и подписи, так что достоверно повышенно и пониженно экспрессирующиеся гены сразу бросаются в глаза — без кода для построения графиков и ручной разметки.
Зачем нужен генератор графиков «вулкан»
- График «вулкан» — это стандартный способ показать дифференциальную экспрессию на одном рисунке.
- Написать аккуратный график с подписями в R или Python требует времени и множества правок.
- Пороги по fold change и значимости делают важные находки очевидными для любого читателя.
- Исследователям нужны чистые, презентабельные рисунки для статей, постеров и докладов — и быстро.
- Перегенерировать рисунок из описания быстрее, чем каждый раз перезапускать скрипт при смене подписей или отсечек.
Как построить график «вулкан»
Опишите сравнение (например, опыт vs контроль), укажите оси и единицы — log2 fold change против −log10 p-значения или скорректированного p-значения — и задайте пороги, например |log2FC| > 1 и padj < 0.05. Отметьте, какие гены или белки подписать и каким цветом выделять повышенно и пониженно экспрессирующиеся точки. Постройте рисунок, затем проверьте пороги, цвета и подписи и дорабатывайте, пока он не будет соответствовать вашим данным.
Из чего состоит график «вулкан»
- Ось X — log2 fold change (величина и направление эффекта).
- Ось Y — −log10 p-значения или скорректированного p-значения (значимость).
- Линии порогов — пунктирные отсечки по fold change и значимости.
- Повышенные точки — достоверные гены с положительным fold change.
- Пониженные точки — достоверные гены с отрицательным fold change.
- Подписи генов — названия самых значимых или выбранных генов.
Вопросы и ответы о генераторе графиков «вулкан»
Что такое график «вулкан»?
График «вулкан» (volcano plot) — это диаграмма рассеяния для отображения дифференциальной экспрессии. По оси X откладывается log2 fold change, а по оси Y — статистическая значимость (−log10 p-значения), поэтому самые значимые гены с наибольшим изменением оказываются в верхнем левом и верхнем правом углах.
Какие данные нужны для графика «вулкан»?
Для каждого гена, белка или метаболита нужны fold change (обычно log2) и p-значение или скорректированное p-значение. Опишите их вместе с порогами, а также можете указать конкретные гены, которые хотите подписать.
Можно ли подписать конкретные гены?
Да. Укажите в описании гены или белки, которые нужно аннотировать, и генератор выделит и подпишет их; также можно попросить подписать топ-N самых значимых генов.
Можно ли использовать скорректированные p-значения?
Да. Вы можете указать для оси Y скорректированные p-значения (например, FDR или padj) и задать порог значимости, например padj < 0.05, прямо в запросе.
Подходит ли он для RNA-seq и протеомики?
Да. Тот же формат графика «вулкан» работает для RNA-seq, протеомики, сравнения маркеров отдельных клеток, метаболомики и других анализов дифференциальной представленности — просто опишите данные и пороги.
Можно ли экспортировать редактируемый рисунок?
SciDraw AI может экспортировать в векторные форматы, чтобы вы потом могли поправить подписи, цвета и пороги. Перед подачей всегда сверяйте рисунок с исходными данными.
Другие инструменты
Генератор медицинских иллюстраций
Создавайте анатомические схемы, клинические визуалы и учебные иллюстрации
Попробовать бесплатно
Генератор клинических иллюстраций
Создавайте анатомические схемы и иллюстрации хирургических процедур
Попробовать бесплатно
Медицинская инфографика
Создавайте медицинскую инфографику и визуалы для пациентов
Попробовать бесплатноНужны другие научные рисунки?
Создавайте форест-графики, кривые выживаемости, схемы путей и другие научные рисунки с помощью SciDraw AI.