Volcano plot показывает размер эффекта по оси x, а статистическую значимость по оси y. SciDraw создает первый вариант непосредственно из таблицы результатов, а дальнейшее оформление выполняется в SciVis.
Какие данные подготовить?
Загрузите один файл CSV, TSV, TXT, XLSX или XLS. Для Excel используется первый лист. Аккуратной таблицы в длинном формате обычно достаточно; шесть примеров показывают ожидаемую структуру.
Одна строка соответствует гену, белку или метаболиту. Нужны идентификатор, log2 fold change и скорректированный p; класс значимости необязателен. Не заменяйте пропуски нулями.
Основные столбцы: feature, log2_fold_change, adjusted_p_value
Шаг 1. Выберите пример или загрузите файл
Откройте генератор volcano plot. Выберите близкий к задаче пример или загрузите свой файл. Примеры можно сразу построить либо скачать как шаблон.
Шаг 2. Создайте первый рисунок
Проверьте распознанные столбцы и создайте рисунок. Тип графика уже задан страницей инструмента. После построения сверьте значения и статистические аннотации с исходным анализом.
Шаг 3. Продолжите редактирование в SciVis
Кнопка «Продолжить в SciVis» открывает результат в рабочей области SciVis. Там можно менять подписи, цвета, аннотации, шкалы, легенду и компоновку.
Что проверить до и после построения
- Использовать p-значения с поправкой на множественные проверки.
- Центрировать ось x на 0 и показывать пороги.
- Подписывать только биологически важные находки.
- Сверять число точек и значимых признаков с анализом.
Частые вопросы
- Нужны ли R или Python? Нет, но статистический анализ должен быть выполнен подходящим методом.
- Достаточно одного файла? Обычно да: группы, ряды и подгруппы хранятся в столбцах одной длинной таблицы.
- Поддерживается ли Excel? Да, XLSX и XLS, но читается только первый лист.
Начать построение
Начните с одного из шести примеров или своего файла. Создайте черновик, завершите его в SciVis и проверьте все значения перед экспортом.
