Référence de la notation des schémas scientifiques
Lorsque vous dessinez un schéma de voie ou de mécanisme, la flèche que vous choisissez porte un sens : une pointe effilée se lit comme une activation, une barre en T plate comme une inhibition, un cercle vide comme une catalyse. Cette page présente le glyphe correct pour chaque relation et indique quels symboles reposent sur une norme formelle que vous pouvez citer, par opposition à une convention simplement très répandue.
Arcs SBGN Process Description (norme formelle)
Le langage Process Description de la Systems Biology Graphical Notation (SBGN) définit des formes précises de terminaison de trait pour la façon dont une entité agit sur un processus. Ce sont les formes canoniques ; les glyphes ci-dessous sont dessinés pour correspondre au manuel officiel SBGN PD Level 1 User Manual.
| Glyphe | Arc | Signification | Terminaison de trait (selon le manuel SBGN PD) |
|---|---|---|---|
| Consommation | Un réactif est consommé par un processus | Une simple ligne, sans symbole à son extrémité | |
| Production | Un processus produit un produit | Une pointe de flèche pleine | |
| Stimulation / activation | Affecte positivement le flux d’un processus | Une pointe de flèche vide (non remplie) | |
| Catalyse | Cas particulier de stimulation (une enzyme catalyse un processus) | Un cercle vide | |
| Inhibition | Affecte négativement le flux d’un processus | Une barre perpendiculaire à l’arc (barre en T) | |
| Modulation | Affecte le flux sans en préciser le signe, positif ou négatif | Un losange vide | |
| Stimulation nécessaire | Stimulation requise pour que le processus ait lieu | Une barre suivie d’une pointe de flèche ouverte |
Normes et conventions de notation
Quels systèmes sont des normes formelles et versionnées et lesquels sont des conventions. Les normes formelles ont une spécification officielle que vous pouvez citer ; les conventions sont largement utilisées mais non normalisées.
Processus biochimiques mécanistiques et temporels — au plus près des voies métaboliques et de régulation des manuels. Définit les nœuds de processus et neuf arcs.
Maintenu par: Communauté SBGN (au sein de COMBINE) · Level 1 (current PD version, successor to V2.0 2019 / V1.3 2015)
Ensemble des relations auxquelles participe une entité, indépendamment des aspects temporels. (Les formes des glyphes ER ne sont pas reproduites ici — voir la spécification officielle.)
Maintenu par: Communauté SBGN (au sein de COMBINE) · Level 1 Version 2.0 (2015)
Flux d’information ou d’influence entre entités biochimiques — utile pour les effets de perturbation. (Les formes des glyphes AF ne sont pas reproduites ici — voir la spécification officielle.)
Maintenu par: Communauté SBGN (au sein de COMBINE) · Level 1 Version 1.2 (2015)
Pointe de flèche = activation, barre plate ou barre en T = inhibition. Formalisé lorsqu’une figure se réclame de SBGN ; dans une figure de biologie moléculaire ordinaire, il s’agit d’une convention partagée et non d’une norme.
Maintenu par: Usage communautaire (formalisé uniquement au sein de SBGN) · N/A
Cheminement des participants dans un essai contrôlé randomisé en quatre étapes : inclusion → répartition → suivi → analyse, avec relevé des effectifs et des exclusions à chaque transition.
Maintenu par: Groupe CONSORT · CONSORT 2025 (updates 2001, 2010)
Norme internationale relative aux symboles des schémas électrotechniques et électroniques. Utilisée en Europe, en Chine, en Australie et dans une grande partie de l’Asie.
Maintenu par: Commission électrotechnique internationale (IEC) · Maintained symbol database (~1,900 symbols)
Symboles de schémas et lettres de repérage nord-américains. Maintenus largement compatibles avec l’IEC, même si certaines formes de composants diffèrent.
Maintenu par: IEEE · IEEE 315 (Inactive-Reserved since 7 Nov 2019)
Questions fréquentes
Comment l’activation et l’inhibition doivent-elles être dessinées ?
Dans SBGN, la stimulation/activation se termine par une pointe de flèche vide (non remplie) et l’inhibition se termine par une barre perpendiculaire au trait (une barre en T). En dehors de SBGN, cette même association est une convention courante plutôt qu’une norme imposée, mais la suivre garde votre figure lisible sans légende.
SBGN est-il requis pour les figures de voies ?
Non — SBGN est facultatif. C’est une norme formelle que vous pouvez adopter pour rendre une figure de voie ou de mécanisme non ambiguë, avec trois langages (Process Description, Entity Relationship, Activity Flow). De nombreuses figures publiées utilisent des conventions de type SBGN sans suivre formellement la spécification.
Quelle norme régit les schémas de circuits ou de flux d’essais ?
Les symboles de circuits sont normalisés par IEC 60617 (international) et IEEE/ANSI 315 (Amérique du Nord, désormais inactive-réservée). Le flux de participants d’un essai randomisé suit le diagramme de flux CONSORT — une norme de reporting formelle en quatre étapes : inclusion, allocation, suivi, analyse.
Besoin de construire une figure de voie, de mécanisme ou d’appareil ?
Essayez le Créateur de schémas scientifiques