Справочник нотации научных диаграмм
Когда вы рисуете схему пути или механизма, выбранная стрелка несёт смысл: остроконечное окончание читается как активация, плоская T-образная планка — как ингибирование, пустой кружок — как катализ. На этой странице показан правильный глиф для каждого типа связи и указано, какие символы опираются на формальный стандарт, на который можно сослаться, а какие — лишь на широко распространённую условность.
Дуги SBGN Process Description (формальный стандарт)
Язык Process Description графической нотации системной биологии (SBGN) определяет точные формы окончаний линий для того, как одна сущность воздействует на процесс. Это канонические формы; глифы ниже нарисованы в соответствии с официальным SBGN PD Level 1 User Manual.
| Глиф | Дуга | Значение | Окончание линии (по руководству SBGN PD) |
|---|---|---|---|
| Потребление | Реагент потребляется процессом | Простая линия без символа на конце | |
| Производство | Процесс производит продукт | Закрашенный (сплошной) наконечник стрелки | |
| Стимуляция / активация | Положительно влияет на поток процесса | Незакрашенный (пустой) наконечник стрелки | |
| Катализ | Частный случай стимуляции (фермент катализирует процесс) | Пустой круг | |
| Ингибирование | Отрицательно влияет на поток процесса | Черта, перпендикулярная дуге (T-образная черта) | |
| Модуляция | Влияет на поток без указания положительного или отрицательного знака | Пустой ромб | |
| Необходимая стимуляция | Стимуляция, необходимая для протекания процесса | Черта, за которой следует незакрашенный наконечник стрелки |
Стандарты и условности нотации
Какие системы являются формальными версионированными стандартами, а какие — условностями. Формальные стандарты имеют официальную спецификацию, на которую можно ссылаться; условности широко используются, но не стандартизированы.
Механистические, разворачивающиеся во времени биохимические процессы — наиболее близко к метаболическим и регуляторным путям в учебниках. Определяет узлы процессов и девять дуг.
Сопровождается: Сообщество SBGN (в рамках COMBINE) · Level 1 (current PD version, successor to V2.0 2019 / V1.3 2015)
Все отношения, в которых участвует сущность, независимо от временных аспектов. (Формы отдельных глифов ER здесь не воспроизводятся — см. официальную спецификацию.)
Сопровождается: Сообщество SBGN (в рамках COMBINE) · Level 1 Version 2.0 (2015)
Поток информации/влияния между биохимическими сущностями — полезен для отображения эффектов возмущений. (Формы отдельных глифов AF здесь не воспроизводятся — см. официальную спецификацию.)
Сопровождается: Сообщество SBGN (в рамках COMBINE) · Level 1 Version 1.2 (2015)
Острый наконечник стрелки = активация, плоская или T-образная черта = ингибирование. Формализовано, когда рисунок объявлен как SBGN; в обычном молекулярно-биологическом рисунке это общепринятое соглашение, а не стандарт.
Сопровождается: Практика сообщества (формализована только внутри SBGN) · N/A
Движение участников через рандомизированное контролируемое исследование в четыре этапа: включение → распределение → наблюдение → анализ, с фиксацией численности и исключений на каждом переходе.
Сопровождается: Группа CONSORT · CONSORT 2025 (updates 2001, 2010)
Международный стандарт на условные обозначения для электротехнических и электронных схем. Применяется в Европе, Китае, Австралии и на большей части Азии.
Сопровождается: Международная электротехническая комиссия (IEC) · Maintained symbol database (~1,900 symbols)
Североамериканские условные обозначения для схем и буквенные позиционные обозначения. В целом сохраняется совместимость с IEC, хотя формы некоторых элементов отличаются.
Сопровождается: IEEE · IEEE 315 (Inactive-Reserved since 7 Nov 2019)
Часто задаваемые вопросы
Как следует рисовать активацию и ингибирование?
В SBGN стимуляция/активация заканчивается пустой (незакрашенной) стрелкой, а ингибирование — планкой, перпендикулярной линии (T-образной планкой). Вне SBGN эта же пара — распространённая условность, а не обязательный стандарт, но следование ей делает ваш рисунок читаемым без легенды.
Обязателен ли SBGN для рисунков путей?
Нет — SBGN необязателен. Это формальный стандарт, который можно принять, чтобы сделать рисунок пути или механизма однозначным, с тремя языками (Process Description, Entity Relationship, Activity Flow). Многие опубликованные рисунки используют SBGN-подобные условности, формально не следуя спецификации.
Какой стандарт регулирует схемы электрических цепей или блок-схемы испытаний?
Символы электрических цепей стандартизированы IEC 60617 (международный) и IEEE/ANSI 315 (Северная Америка, теперь неактивно-зарезервирован). Поток участников рандомизированного испытания следует блок-схеме CONSORT — формальному стандарту отчётности с четырьмя этапами: включение (Enrollment), распределение (Allocation), наблюдение (Follow-Up), анализ (Analysis).
Нужно построить рисунок пути, механизма или установки?
Попробуйте Конструктор научных диаграмм