Бесплатный генератор Manhattan plot
Создайте GWAS Manhattan plot из обычного текста
Опишите ваше полногеномное ассоциативное исследование, хромосомы для отображения и нужные пороги значимости, и ИИ нарисует аккуратный Manhattan plot с -log10(p) по оси y и подписанными пиками — готовый для лекций по генетике, лабораторных рисунков и черновиков статей.
Примеры Manhattan plot
Нажмите на любой пример, чтобы загрузить его запрос, или используйте его как отправную точку для собственного GWAS-графика.
Что такое Manhattan plot?
Manhattan plot — это стандартный рисунок для обобщения полногеномного ассоциативного исследования (GWAS). Каждая точка — это отдельный генетический вариант (SNP), нанесённый по его геномной позиции вдоль оси x и по силе его ассоциации с признаком на оси y, показанной как -log10(p-значение). Поскольку хромосомы расположены встык, а соседние окрашены в чередующиеся цвета, кластеры сильно ассоциированных вариантов образуют высокие пики-«небоскрёбы», напоминающие городской силуэт, — отсюда и название. SciDraw AI превращает ваше текстовое описание в аккуратный Manhattan plot публикационного качества, чтобы вы могли проиллюстрировать структуру GWAS без написания кода на R или Python.
Зачем нужен генератор Manhattan plot?
- Получите чёткий GWAS Manhattan plot за секунды для доклада, лекции или макета рисунка.
- Покажите линию полногеномной значимости при 5e-8 и предполагаемую линию без возни с кодом построения графика.
- Разместите все хромосомы в чередующихся цветах с подписанными пиками, без навыков дизайна.
- Создавайте учебные рисунки, объясняющие, как читаются GWAS-результаты, p-значения и локусы.
- Быстро набрасывайте Miami plot и аннотированные макеты до того, как появится итоговая сводная статистика.
Как построить Manhattan plot
Опишите график обычными словами: какие хромосомы охватить (1-22 и X), как высоко должна идти ось -log10(p), нужно ли рисовать линию полногеномной значимости при 5e-8 и предполагаемую линию при 1e-5 и какие пики подписать именем ближайшего гена. Укажите, нужен ли Miami plot для сравнения двух признаков или выделение конкретных локусов. После этого SciDraw AI нарисует аккуратный Manhattan plot с чередующимися цветами хромосом и аккуратными аннотациями, а вы сможете уточнять запрос и перегенерировать, пока он не станет правильным.
Части Manhattan plot
- Ось x: геномная позиция, сгруппированная по хромосомам (1-22 и X), с соседними хромосомами в чередующихся цветах
- Ось y: -log10(p-значение), так что сильнейшие ассоциации находятся выше всего на графике
- Линия полногеномной значимости: горизонтальная линия при p = 5e-8 (-log10 p ~ 7,3)
- Предполагаемая линия: необязательная нижняя линия при p = 1e-5, отмечающая более слабые сигналы
- Пики и локусы: кластеры точек («небоскрёбы»), поднимающиеся над порогом
- Аннотации генов: подписи, называющие ближайший ген у каждого верхнего локуса
Частые вопросы о Manhattan plot
Что такое Manhattan plot?
Manhattan plot — это стандартный рисунок для полногеномного ассоциативного исследования (GWAS). Каждая точка — это генетический вариант, размещённый по его позиции вдоль генома на оси x и по его -log10(p-значению) на оси y. Хромосомы нарисованы встык в чередующихся цветах, так что сильно ассоциированные области образуют высокие пики, напоминающие городской силуэт, — отсюда название «Manhattan» plot.
Почему ось y — это -log10(p), а не сырое p-значение?
P-значения GWAS охватывают много порядков величины, от почти 1 до 1e-50 и меньше, поэтому сырая шкала прижимала бы каждый значимый сигнал к оси. Взятие -log10(p) превращает эти крошечные p-значения в большие положительные числа: p = 0,01 становится 2, p = 5e-8 — около 7,3, а p = 1e-20 — 20. Чем сильнее ассоциация, тем выше точка, что и делает пики читаемыми.
Что такое порог полногеномной значимости 5e-8 и почему именно такое значение?
Порог полногеномной значимости — это p = 5e-8, нарисованный как горизонтальная линия при -log10 p около 7,3. Он следует из коррекции типа Бонферрони для проверки примерно одного миллиона независимых распространённых вариантов по всему геному (0,05 / 1 000 000 = 5e-8). Варианты, чьи пики пересекают эту линию, обычно сообщаются как полногеномно значимые, тогда как более мягкая предполагаемая линия при 1e-5 отмечает более слабые сигналы-кандидаты, заслуживающие проверки.
В чём разница между Manhattan plot и QQ plot в GWAS?
Manhattan plot показывает, где ассоциации расположены вдоль генома и насколько они сильны, так что можно считать, какие локусы значимы. QQ plot же проверяет всё распределение тестовых статистик: он наносит наблюдаемые -log10(p) против значений, ожидаемых при отсутствии ассоциации. Они дополняют друг друга — QQ plot диагностирует инфляцию или конфаундинг по всему исследованию, а Manhattan plot показывает конкретные локусы.
Генератор Manhattan plot бесплатный?
Каждая генерация расходует небольшое число кредитов. Новые аккаунты получают бесплатные кредиты для старта, так что вы можете создавать Manhattan plot сразу, а платные тарифы доступны, если нужно регулярно генерировать много GWAS-рисунков.
Можно ли использовать эти графики для публикации или реального исследования?
Рисунки от SciDraw AI иллюстративны — они отлично подходят для обучения, слайдов, постеров и макетов, но рисуются по вашему описанию, а не по реальным данным. Для настоящего GWAS-результата необходимо построить вашу собственную сводную статистику (позиции и p-значения по каждому SNP) с помощью такого инструмента, как R или Python, чтобы каждая точка и пик отражали реальный анализ.
Другие инструменты
Конструктор гистограмм
Превращайте данные и интервалы в аккуратную подписанную частотную гистограмму с необязательной нормальной кривой.
Попробовать бесплатно
Конструктор ящиков с усами
Создавайте аккуратные подписанные ящики с усами с квартилями, усами и выбросами из текстового описания.
Попробовать бесплатно
Конструктор скрипичной диаграммы
Создавайте подписанные скрипичные диаграммы с внутренними ящиками с усами и формами плотности из текстового описания.
Попробовать бесплатноНарисуйте ваш Manhattan plot сейчас
Опишите макет вашего GWAS, линии значимости и пики и получите аккуратный график полногеномной ассоциации за секунды. Начните бесплатно с SciDraw AI.
