リッジラインプロット作成ツール

リッジラインプロット（Ridgeline Plot）で可視化できること

リッジラインプロット（旧称：Joyplot）は、部分的に重なり合う複数の確率密度関数（山型の分布曲線）を垂直方向に積み重ねて表示する手法です。多数のグループ、時系列、または実験条件における分布の変化を、1つのコンパクトな図で比較できます。平均値の差だけでなく、分布の形状、歪み、多峰性などの変化を強調するのに適しています。

リッジラインプロット作成に必要なデータ要件

• 1行1観測値とし、数値データ（測定値）の列と、カテゴリデータ（グループ）の列を含めてください。
• 垂直方向の並び順に科学的な意味（用量順、時系列など）を持たせる場合は、順序を制御するための列を追加してください。
• 信頼性の高い密度推定（KDE）を行うため、各グループに十分なサンプル数が含まれていることを確認してください。
• 適用したデータ変換（対数変換など）を記録し、すべてのグループが同一のスケールで比較されていることを確認してください。

リッジラインプロットの学術・研究における活用例

• 組織別遺伝子発現リッジラインプロット
• 処置群別バイオマーカー密度
• 製造バッチ別粒径分布
• 月別気温分布 Joyplot
• CSV から作る Python 風リッジライン
• 条件別タンパク質量分布

分布の比較にリッジラインプロットを採用するメリット

• 順序性のある多数のグループ間における、分布のシフト（遷移）を直感的に比較できます。
• 単一の要約統計量（平均値など）では見落とされる、多峰性（マルチモーダル）、歪度、ばらつき、裾野（テール）の変化を可視化できます。
• 個別の密度プロットを並べるよりも、垂直方向のスペースを極めて効率的に活用できます。
• 時間経過、薬物投与量、組織タイプ、母集団、実験条件ごとのパターンを美しく整理できます。

リッジラインプロット作成ツール の使い方

例を選ぶか、CSV、TSV、TXT、XLSX、XLS のいずれか1ファイルをアップロードします。検出された列を確認して図を生成し、SciVis で編集します。Excel は先頭シートを使用します。

論文に耐えうるリッジラインプロットの必須要素

• 共通の数値スケール（x軸）と、判読しやすいグループラベル（y軸）。
• 明記されたカーネル密度推定のバンド幅（Bandwidth）または平滑化パラメータ。
• 隣接する曲線同士を区別しつつ、重なりが隠れすぎない適切な垂直方向の間隔。
• 順序性を損なわない、抑制されたカラーパレット（グラデーションなど）またはアウトライン。

リッジラインプロットとバイオリンプロットの使い分け

同一スケールを共有する「多数の（特に順序のある）分布」を一覧比較したい場合は、リッジラインプロットが最適です。比較するグループ数が少なく、左右対称の形状を直接横並びで比較したい場合や、生のプロットを重ね書き（オーバーレイ）したい場合、内部に四分位数を明示したい場合はバイオリンプロットを使用します。