提示词描述

先前对位置编码的多价肽-肽相互作用的实验研究表明，在14聚体本质无序聚甘氨酸(GW)肽的不同位置放置两个色氨酸残基，会显著影响其与伴侣同聚甘氨酸(G14)肽的结合亲和力和选择性。然而，这些研究缺乏原子级别的分辨率，无法完全解释导致观察到的火山状结合趋势的结构机制。为了克服这一局限性，我们进行了全原子分子动力学(MD)模拟，并采用通过副本交换分子动力学(REMD)的增强采样，以研究色氨酸间距如何影响结合行为。我们的研究结果表明，两个色氨酸之间间隔10个甘氨酸的肽(GW10)对G14的结合亲和力最高，这与实验数据一致，并验证了我们的模拟方法。具体而言，GW10以及相关的精氨酸和丝氨酸变体(GR10和GS)