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水传播病原体传播构成重大的全球环境健康危害。本研究利用宏基因组测序结合共现网络分析、冗余分析（RDA）和偏最小二乘路径模型（PLS-PM）来检验渭河流域内病原体的分布和传播风险。研究在渭河干流和支流水域中鉴定出232种病原体，其中铜绿假单胞菌和肠道沙门氏菌等核心病原体在所有水文时期均持续存在。RDA分析表明，温度、盐度、硝态氮和叶绿素a是影响病原体群落结构的关键环境因素。PLS-PM模型表明，移动遗传元件（MGEs）与病原体之间的关联模式存在显著的季节性变化。在丰水期，MGEs与病原体的相关性最强，表明共扩散和基因转移的潜力较高。