提示詞描述

先前針對位置編碼多價肽-肽交互作用的實驗研究顯示，在一個14肽段本質無序聚甘胺酸（GW）肽段內，將兩個色胺酸殘基放置於不同位置，會顯著影響其對目標同聚甘胺酸（G14）肽段的結合親和力和選擇性。然而，這些研究缺乏原子級別的分辨率，無法完全解釋造成觀察到的火山狀結合趨勢的結構機制。為了克服此限制，我們進行了全原子分子動力學（MD）模擬，並採用通過副本交換分子動力學（REMD）的增強採樣，以檢驗色胺酸間距如何影響結合行為。我們的研究結果表明，兩個色胺酸之間間隔10個甘胺酸（GW10）的肽段，對G14表現出最高的結合親和力，這與實驗數據一致，並驗證了我們的模擬方法。具體而言，GW10，以及相關的精胺酸和絲胺酸變體（GR10和GS）