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위치 코딩된 다가 펩타이드-펩타이드 상호작용에 대한 이전의 실험적 연구에서는 14-머 고유 무질서 폴리글리신 (GW) 펩타이드 내에서 서로 다른 위치에 두 개의 트립토판 잔기를 배치하는 것이 파트너 호모글리신 (G14) 펩타이드에 대한 결합 친화도 및 선택성에 상당한 영향을 미친다는 것을 보여주었습니다. 그러나 이러한 연구는 원자 수준의 해상도가 부족하여 관찰된 화산 모양의 결합 경향을 담당하는 구조적 메커니즘을 완전히 설명할 수 없었습니다. 이러한 한계를 극복하기 위해 우리는 트립토판 간격이 결합 거동에 미치는 영향을 조사하기 위해 레플리카 교환 분자 동역학 (REMD)을 통한 향상된 샘플링을 사용하여 모든 원자 분자 동역학 (MD) 시뮬레이션을 수행했습니다. 우리의 연구 결과는 두 트립토판 사이에 10개의 글리신 간격을 가진 펩타이드 (GW10)가 G14에 대한 가장 높은 결합 친화도를 나타내며, 이는 실험 데이터와 일치하고 시뮬레이션 방법론을 검증한다는 것을 나타냅니다. 특히, GW10은 관련 아르기닌 및 세린 변이체 (GR10 및 GS)와 함께